小技巧 | PCR引物不好设计怎么办？

       

      很多时候我们需要对某DNA片段进行PCR扩增进行下一步测序，但经常会发现有些引物不理想，可能是位于序列重复区，可能是有引物二聚体，可能是有很多非特异的扩增产物，在这里游侠向大家推荐一个网站。

http://www.thermofisher.com/order/genome-database/searchResults，选择primer design。

有三种方式：

第一种是直接输入目标信息，可以是基因名称，SNP编号或DNA序列

第二种是直接输入基因组位点（hg38），如果你的突变位点是hg19，可以通过liftOver进行转换http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver，

第三种是直接上传vcf或bed文件。

我们直接输入rs671，结果如下

是的，可以直接订购哦，只要88元人民币，真是良心价！事先声明游侠没有收广告费，为了测试一下真实实力，我们输入了脊肌萎缩症SMN1基因上那个独特的c.C840T突变，果然没有让我失望，它没有设计出来，不过游侠认为这对于一般的验证是足够了，性价比不错。

感谢良培基因的谭灏文博士提供上述网站。

关注公众号，查看更多技巧！