大凡临床疗效较好的医家都是灵活地运用腧穴，合理配穴，而不是受某穴治某病的局限而墨守成方，呆板地配穴。
虽然前人对于腧穴的功能及临床应用积累了很多宝贵丰富的经验，但是如果我们不去研究腧穴的功能，不掌握腧穴的特性只是机械地照搬，死记某穴治某病，某病取某几个穴，孤立地认识疾病，就会使我们在临床上受到限制。
特别是遇到复杂的疑难病证往往会束手无策，即便是治疗也是取穴不清，治疗不明，病轻不知何因，病重不知何故。
在临证治疗中，取穴方法要灵活，一般以循经取穴为基础，但决不是简单的头痛医头，脚痛医脚，而是严格按照经络学说来辨证，分析疾病是属于哪一经或哪几经。
一、循经取穴
在众多的穴位中，如何进行选穴是比较关键而又有一定难度的，一般以循经取穴为基础。要做到这一点，首先必须按照经络学说来辨证，分析疾病是属于哪一经或哪几经。清代的《琼瑶神书》中说：“医人针灸，不知何经受病，妄行取穴”是针灸疗效不好的重要原因之一，因此针灸选穴的一个重要依据就是要按受病部位来分析病位在何经。
对此早在《标幽赋》中就有“既论脏腑虚实，须向经寻”之说。明代张三锡在《经络考》序中也指出：“脏腑阴阳，各有其经……明其部以定经，循其流以寻源，舍此而欲知病之所在，犹适燕而北行，岂不愈劳愈远哉。”
这实际也是强调针灸治病必须按病变部位来分析，才能顺藤摸瓜，选出正确的穴位，真正做到“有的放矢”，这是循经取穴的基本原则。
二、随症选穴
针对某一主要症状取穴称之为随症选穴。关于随症选穴的理解，有两方面的含义：一是根据疾病的病因病机来选取穴位，既要考虑病所与经络的联系，又要根据经络、脏腑的理论酌情选用治疗病因的穴位，此时的选穴就要注重辨证取穴与辨经取穴相结合。
二是根据疾病过程中出现的症状来选取穴位。实际上针灸史上比较有代表性的对症取穴大多见于特定穴中，其中五输穴最为突出，从贺老的治疗中可以看出，相当多的穴位属于特定穴的范畴，因此深入细致地研究特定穴的应用对提高针灸疗效是非常有意义的。
三、性能选穴
补气：太渊、气海、百会、膻中；
补血：血海、膈俞、中脘、绝骨；
滋阴：三阴交、阴郄、太溪、照海；
壮阳：命门、关元、太溪、肾俞；
疏肝：丘墟、太冲、内关、期门、蠡沟；
健脾：太白、建里、章门、脾俞；
解表：合谷、外关、大椎、（五输）经穴；
祛风：风字穴位；
温里：荥穴、壮阳穴；
通行穴：支沟、手三里、天枢、曲池、三焦俞、条口、环跳、归来；
利水：太溪、四渎、三阴交、阴陵泉、水分、水沟、水道；
祛痰：络穴，邪随络穴而出；
镇静安神：神字穴；
升举穴：百会、冲字穴，加补气穴；
活血祛瘀：郄穴，局部放血，补血穴；
醒脑开窍：人中、井穴、四神聪、会阴、百会、内关；
退热：大椎、膏肓俞、阴郄、劳宫、尺泽、耳尖放血、曲池、清冷渊；
治汗穴：合谷、复溜、阴郄、尺泽、气海、劳宫；
扶正祛邪：原络配穴。
四、部位选穴
半身：听宫；
上半身：合谷；
下半身：太冲、环跳；
头顶：太冲、涌泉、合谷；
头两侧：足临泣、外关、中渚；
枕部：至阴、后溪、长强；
前额：解溪、丰隆、合谷；
面部：合谷、冲阳、气冲、条口；
眉棱骨：肝俞；
目：肝俞、臂臑、养老、光明、目窗、风池、行间；
鼻：通天、列缺、上星、孔最、肺俞、膻中；
口唇：脾俞、太白、丰隆；
牙齿：太溪、曲池、合谷、偏历；
舌头：通里、照海、风府、哑门、滑肉门；
耳朵：太溪、外关、悬钟；
颈项：列缺、支正、昆仑；
咽喉：通里、照海；
肩：条口；
肘：冲阳；
手：大椎、中脘；
脊柱：后溪、人中、大钟；
背：合谷、养老；
胸部：内关、足临泣、梁丘、太渊、孔最、大陵；

乳房：足临泣、梁丘、内关、肩井、少泽；
胃口：内庭；
胁部：丘墟透照海；

胁下：内关；
胃脘：足三里、梁丘、丰隆；
腹部：支沟、手三里、三阴交、足临泣；

少腹：蠡沟；

腰部：委中、太溪、合阳；
前阴：大敦、水泉；
后阴：承山、二白；
大腿：腰阳关、秩边、环跳；
腿部：风府、腰夹脊；
脚底：关元、气海、命门、肾俞；
脚趾：百会、中脘、章门；
腋窝：内关、蠡沟。