太原晋祠是纪念唐叔虞母亲邑姜而建，而不是纪念太子晋的，真正太子晋墓在河南偃师，那里有武则天题升仙太子碑。
关于现代建筑子乔祠，则系明代王琼晋溪书院改建。
王琼（1459－1532），字德华，号晋溪，又号双溪老人。太原县城（今太原市晋源区晋祠镇）人。历事明成化、弘治、正德、嘉靖四朝，官至户部、兵部和吏部尚书。曾治理漕河（运河）、平定宸濠叛乱，总制西北边防，功绩赫赫，与于谦、张居正合称明代三重臣。
王琼生于明天顺三年（1459），幼时即有“神童”之称，4岁能楷书，5岁被县举为奇童，8岁通《尚书》，12岁独居一室，勤奋攻读。22岁乡试中举，曾言：“丈夫生而果有志，何别监渊去羡鱼。”（《明史·王琼传》）。
明成化二十年（1484），王琼中进士，授工部主事，出治漕河三年，为官干练清正，编《漕河图志》，其记载极为详细，成为后人治理漕运的重要依据。
正德元年始（1506），任户部右侍郎三年，后改任吏部右侍郎。正德七年（1512），任户部尚书。他明察秋毫，掌握了户部各种情况，采取措施，堵塞漏洞。正德十年（1515），王琼出任兵部尚书，大力整顿边防军务，裁撤冗员，加强边防，提高官兵战斗力。正德十四年（1519），宸濠谋反于南京，王琼一夜草疏十三道，恳请皇帝下诏削藩，又推荐贤才王守仁领兵平定了叛乱。1520年，王琼出任吏部尚书，受到大学士首辅杨廷和的忌嫉排挤和诬陷。嘉靖元年（1522），王琼被捕下狱，定为死罪，后改为充军边关。嘉靖六年（1627），王琼“还籍”，回到太原，居住于晋祠的晋溪园，怡情山水，颐养天年。
晋溪园筑于嘉靖五年（1526），是王琼长子王朝立依父亲心愿而建的。晋溪园西依悬瓮山，北对晋祠的水母楼、胜瀛楼、小桥流水，南为奉圣禅寺。晋水的鸿雁南河、鸳鸯中河、陆堡河分别从园子的西墙、南墙和北墙流出。王琼住到晋祠，对晋溪园周围的景致非常满意，每日里或读史吟诗，或与友奕棋作画，或浇花修竹，或临河垂钓，过着田园生活。期间，也写了一些有关晋祠的诗文。
第二年，西北边关告急，七旬高龄的王琼重被起用，任命为兵部尚书兼右都御史，提督三边军务。自此，王琼驰骋于西北边疆，安抚诸番，开关禁，通贸易，一时边境安定。在西边几年，他编著《西番事迹》和《北边事迹》各一卷，总结了历代边关的得失。嘉靖十年（1532），王琼回京，再任吏部尚书。次年7月，病逝于京城。追赠“太师”，谥“恭襄”，长子王朝立扶灵柩回籍，葬于蒙山脚下（今太原市晋源区金胜乡王家坟），礼部尚书霍韬撰神道碑，后诏建专祠于晋溪园西，名“王琼祠”。
王琼祠建于嘉靖十二年（1533），位置在晋溪园西，难老泉南。王琼十四世孙王惠曾为该祠撰联：“举朝汹汹，谁知讨擒宸濠，此时已付王新建；公论啧啧，试看总督甘陕，厥功何如杨应宁。”高度概括了王琼的功绩。至乾隆三十七年（1772）扩建文昌宫时，王琼被列为“晋水七贤”之一，其塑像供奉于文昌阁。
王琼去世后，其子王朝立改晋溪园为书院，成为太原县讲堂。至道光六年（1826），太原县县令员佩兰在县城后街创办晋泉书院后，晋溪书院才开始衰落。1992年，太原市有关部门为了招商引资，专门成立了太原王氏海外联谊会，并和泰国、马来西亚、新加坡、缅甸等王氏宗亲会重修了晋溪书院，增建了子乔祠，借以作为海内外王氏寻根祭祖之所（也因此十多年来误导了华夏一亿王氏宗亲寻根地）。现在，王琼祠前两棵银杏树，浓郁茂密，葱葱郁郁，传说为王琼手植，为重要文物。
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