清代初期沿用明代旧制,甘州仍是陕西行都司的治所。清初重武轻文,甘肃镇总兵的级别高于甘肃巡抚,逐步形成文武大员异地分治的局面。陕西行都司的卫所制也逐步裁并,向府县制过渡。
清康熙二年(1663年),置甘肃提督,节制各镇总兵。甘肃提督驻甘州,甘肃巡抚驻兰州,甘肃文武大员异地分治的格局固定了下来。
清雍正元年(1723年),大将军年羹尧平定青海罗卜藏丹津叛乱之后,奏请朝廷改卫所制为府县制。雍正三年正式罢陕西行都司,置甘州府,以甘州左右二卫所改置为张掖县,裁山丹卫改置山丹县,合并高台、镇夷两守御千户所,改置高台县。甘州府隶属于甘山道,直辖张掖、山丹、高台三县。
清乾隆八年(1743年),将甘山道并入甘肃道,道治在肃州,甘州府隶属于甘肃道,不久又改隶于甘凉道,道治在凉州。因张掖县地域辽阔,清乾隆八年(1743年)时,在张掖东部的东乐另置一个东乐分县,徙张掖县丞驻东乐,辖属1驿14堡。清乾隆十五年(1750年),又分出张掖县西部另置抚彝厅,辖属2驿24堡。清乾隆四十三年(1778年)统计,甘州府1厅2县合计人口809540人,其中民户人口280470人,屯户人口529070人。从这个数字上可以看出,清代时甘州的人口已相当稠密。
清代府县的编制等级分明,甘州知府为从四品官,下有同知(正五品),通判(正六品),属吏有经历、知事、照磨、司狱等。各县的知县为正七品,下有县丞(正八品)、主薄(正九品)为佐贰,还有典史为属吏。县衙编制尚有门子、皂隶、马快、民壮、禁卒、轿夫、草库、斗级等。
进入民国年间后,废府存道、厅、州,分县一律改称县。到民国十八年(1929年),改抚彝县为临泽县,移东乐县城于洪水镇,改名为民乐县。
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