明朝的两京制度，在政治方面没添乱，倒是在经济层面造成了一些麻烦。
首先，两京甚至多京，在明朝之前屡见不鲜，几乎是常规操作。
古代的许多制度、规则，都源于周朝，“多京制”也是如此。
周朝发源于关中，在当时算得上西部，都城本是“丰镐”（今西安市长安区）。武王伐纣后，为了强化对东方的控制，由周公旦牵头、历时多年，在今洛阳一带修建了一座宏伟的都城，名为“成周”。城里安置了一些殷商遗民，驻扎了为数不少的周军，还有象征着王权、寓意威震天下的九鼎。
其后周天子一直在丰镐执政。直到周平王元年（前770年），丰镐被犬戎攻破、周幽王被杀，周平王东迁，成周才正式成为周朝的都城，被改名为洛邑。
有了周朝的示范，两京、多京在后世变得司空见惯。
刘邦建立西汉后，初都洛阳、后迁长安，虽没明确两京，但洛阳被视为拱卫关中的门户、控制关东的支点，长期处于“二号地位”；到了东汉，鉴于关中在战乱中毁坏严重，刘秀定都洛阳，但把长安城定性为“西都”。东汉末年，董卓曾整了一出“迁都”的闹剧；三国时期，邺城、许都、洛阳都充当过曹魏的都城；南北朝时期，洛阳久经战火、被摧毁得体无完肤。到了隋朝大业年间，隋炀帝杨广在成周旧址以东新建洛阳城，称之为“东都”。这一行动的初衷，他本人的解释是为了更方便地管理山东地区（函谷关以东）：“关河重阻，无由自达。朕故建立东京，躬亲存问。”此外，在各地也设置了不少行宫，配套设施一应俱全，以方便他常年巡游、视察。
唐朝疆域图
唐朝时，也延续了长安、洛阳两京制，武则天的武周时期以洛阳为实质性都城，其他时期均为长安，后期还曾升格为五京制；唐朝之后，辽、金两国都采取了五京制，实行一主四辅的模式。
而明朝实行两京制的原因众所周知：朱元璋由南攻北、定都南京；靖难之役后，朱棣以元大都为基础、采取南京的设计，历时13年打造了宏伟的北京城，并于永乐十九年（1421年）迁都。
至于南京，也保留了都城的身份，朱棣对此给出的说法是：“仿成周卜洛之规，建立两都，为永远之业。”既然扯出了周朝的大旗，后世不遵守都不行。
虽然当时许多人激烈反对迁都，但朱棣这一举措在政治层面而言其实并无问题，甚至相当有必要：回看历朝历代，但凡统治中心远离外敌，往往会因苟安、不重视等心理，酿造出大的外患。
比如当初的西汉，为了拱卫关中，常年往西北拓展生存空间，直到把河西、西域全部拿下才放心；而到了东汉，由于都城位于关东地区，关中日渐不被重视，小小的羌乱都折腾了几十年，朝廷里有人甚至主张放弃凉州；在南北朝时期，北魏迁都洛阳后，仍然不得不在边境设置重兵、防备柔然。但由于远离权力中枢，边军待遇、地位日渐下降，不多久就爆发了声势浩大的六镇起义，直至摧毁北魏王朝。
明朝疆域图
而在明朝，外部最大隐患自然是退到草原的北元，朱元璋虽沿边设置大量重镇，但如果长期远离统治中心，要么容易流于荒废，要么步入尾大不掉、出现唐朝藩镇那样的局面。
因此，朱棣力排众议、迁都北京，对于控制北元势力、巩固统治而言是极为必要的。同时，有历代的经验在前，明朝南京虽然也设立了六部，但说白了只是北京的“分部”，毕竟皇帝在北京，兵权也在北京，不存在一丝“多头管理”的可能。
但在经济层面，明朝迁都北京则引发了不小的后遗症：经济中心和政治中心分离所带来的困境。
华夏文明发源于黄河流域，但随着历史的推移，经济重心呈现出往年转移的趋势。
经过魏晋南北朝的发展，到了隋朝时，北方已经对南方的粮食产生极大依赖，隋炀帝下大力气修建大运河，就是有解决物资运输难题、强化对江南控制的考虑；到了唐朝，随着安史之乱的爆发，南方更是彻底成了朝廷的粮食、资金来源。以此为分界点，古代中国的经济中心产生了根本性转移，由黄河流域转向长江流域。
到了北宋时，王朝的财政大部分依赖南方；而到了偏安一隅的南宋，虽然国土锐减，但国家赋税收入竟然超过了北宋时期，可见南方经济的主导地位。
京杭大运河示意图
元朝时期，虽然国土空前辽阔，但主要的财政来源仍是江南。为了输送物资，朝廷在漕运（运河）之外开发了海运；到了明朝，北方的地荒、人荒成了一个难以解决的顽疾，北方的粮食产量仅为南方的1/5（到了清朝，进一步扩大为1/8、1/10）。迁都北京后，明朝廷远离江南税赋中心，为了供应都城的海量物资需求，必须常年疏通运河、组织大量船力人力保持常态化运输，给国家财政带来了极大负担。
当然了，任何决策都带有两面性，相对于经济层面的副作用，明朝两京制整体而言是利大于弊的；此外，朝廷抵近边境线，还给后世留下了“天子守国门，君王死社稷”的悲壮豪迈。
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