总督这个职位源于明朝，完善于清代，在二百多年的清代历史的发展中，总督职权不仅没有被削弱，甚至有不断扩张的趋势。从雍正乾隆以后正式兼任兵部尚书职位，或者是都察院右都御史的职位，由此获得更大的职权，以及官阶上成为从一品，获得更高的级别。
到了清朝后期，朝廷甚至允许部分总督有直接跟其他国家交涉的外交权力，以及为了推行洋务运动所下放的财政、人事等权力，这些权力都在极大程度上丰富了总督的职权。从行政级别来说，总督也是知府的上级官员。清朝行政划分是省府（州）县，总督所管辖的是一个或数个省份，而知府则是府一级的主官。但是，对于知府的任免，总督却无法轻而易举的发挥自己的影响力。
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之所以会出现这种情况，主要在于皇帝对于知府人选的直接控制上。相比较于知县平时在地方上承担直接处理公文事务的职责，知府在地方上更多是承担是一种中转承接的作用。当然，这并不是说知府的职位不重要，恰恰相反，知府在清朝地方当中，承担着不可替代的作用，它的人选也受历代统治者所重视。比如乾隆年间，朝廷就更倾向于把那些考核结果比较优秀的官员调任到地方任职，而那些考核平庸的官员，往往会被调任到京城部门的衙门任职。
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所以，在清朝的时候，对于知府的任免，常常由皇帝自己决定。比如雍正年间的时候，雍正皇帝就亲自考核了知府的人选，并对他们做出了各自不同的评价。雍正年间的时候，皇帝还特别授权让知府这一级的官员拥有上密折的权力。所谓密折，就是可以不用经过中枢内阁，只有皇帝跟写信官员知道内容。这种密折制度主要是为了防止皇帝被闭塞耳目，也可以防止地方督抚趁机做大，影响皇帝的权力。综合这些因素，皇帝才会在总督任免知府上设置了诸多限制。
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但是，总督对于知府人选的任免，并不是不能完全发挥作用，这个发挥的作用，主要在朝廷赋予总督对辖区内官员进行考核的权力。
清朝的时候，对于地方官员有“大计”的考核，这个考核是层级负责，按级考核核对。
这个考核非常重要，可以直接决定官员将来的任免提拔的情况。清朝会推出这种考核方式，一方面是为了遏制官僚队伍的腐败情况，另一方面也是为了提高办事效率，同时，可以帮助皇帝更好治理天下。
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虽然前面我们讲过，皇帝直接决定四品级别官员的任免情况，但是皇帝毕竟精力有限，他一个人也无法处理那么多的事情。这种情况下，就必须依靠像督抚、尚书等高级官员，而皇帝对官员直接干预任免的情况，也主要集中在这些高级官员当中，更多情况下，对于知府这一层级的官员，更多是参考吏部、督抚的举荐情况，以及官员平时的考核结果。这一些是影响知府任免的主要因素。
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而总督是可以对这个考核结果发挥影响力的。在清朝实际的考核当中，总督是对布政使和按察使进行考核的。而知府是由布政使、按察使进行考核后，上报总督，由总督呈交朝廷。考核的内容分别是对官员的操守、才能、年龄还有政绩进行评价，根据考核的结果，上级官员做出评价上报，评价好的就可以选入到升迁官员的行列当中。不过，为了防止评价失当，对于那些评价不好的，按照规制，吏部还要进行重新考核。
对于那些在考核中评价不好的官员，总督们是可以直接上表弹劾。这在很大程度上会在实际情况下决定了知府们在仕途的情况。只不过，到了清朝后期，随着吏治败坏，很多制度也都流于表面，尤其是清朝末期，买官风气盛行，很多官员都是走马换灯的更换，这种情况下，朝廷对于底下官员的情况很难摸得情况，只能更依赖于地方督抚的举荐，而督抚们对知府的任免，也在无形中扩大了影响力。
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