在和桓玄撕破脸之后，元兴元年（壬寅，公元402 年）春正月庚午朔（初一），东晋朝廷颁布诏书，历数荆州刺史桓玄的罪状，任命尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事，加授黄钺，领军讨伐桓玄。同时任命镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王司马尚之统率后卫部队。又下令实行大赦，改年号，并任命会稽王司马道子为太傅，在都城内外戒严。
司马元显打算借此机会把桓氏家族的人全部诛灭。中护军桓修是王导曾孙、骠骑长史王诞的外甥，王诞又很得司马元显的宠信，所以王诞向司马元显禀告了桓修等人和桓玄的志趣完全不同，司马元显才放弃了诛灭诸桓的想法。
张法顺对司马元显说：“骠骑司马桓谦兄弟经常充当荆州方面的耳目，为桓玄提供情报，咱们应当把他杀了，以杜绝今后类似奸计阴谋的发生。同时，此次出军讨伐桓玄，能否达到预期目的，关键就在前锋部队如何，但刘牢之为人反复无常，万一他那里发生什么变化，那么我们的失败和大祸就会马上到来。所以，您可以命令刘牢之处死桓谦兄弟，以此来证明他和我们同心。如果刘牢之不接受命令，那么咱们就得先处理他了。（桓谦兄弟每为上流耳目，宜斩之以杜奸谋。且事之济不，系在前军，而牢之反覆，万一有变，则祸败立至，可令牢之杀谦兄弟以示无贰心，若不受命，当逆为之所。）”司马元显说：“现在咱们如果不依靠刘牢之，是不能和桓玄对抗的。况且，刚开始出兵征讨，就先诛杀自己的大将，容易使人心不得安宁。（今非牢之，无以敌玄；且始事而诛大将，人情不安。）”于是司马元显不同意张法顺的建议。
不但如此，司马元显又考虑到桓氏家族几代都得到荆州一带士民的拥附，桓冲尤其是为那里的百姓做了很多事情，而桓谦又是桓冲的儿子，故而把桓谦由骠骑司马调任都督荆、益、宁、梁四州诸军事及荆州刺史，打算用这种方法收买西部地区百姓的人心。
忽而要族灭诸桓，忽而又给桓氏升官，司马元显自相矛盾的作为进一步加快了自己灭亡的步伐。
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