壬午（十五日），刘裕率领几支部队从建康出发，参军王镇恶向刘裕请求给他一百条船，由他担任先锋。丙申（二十九日），官军抵达姑孰，刘裕任命王镇恶为振武将军，和龙骧将军蒯恩带领一百条船作为前锋提前出发。刘裕告诫他们道：“如果你们评估敌人可以战胜，便进攻他们；如果不能取胜，便把他们的船舰烧毁，停留在水边等我来。（若贼可击，击之；不可者，烧其船舰，留屯水际以待我。）”于是王镇恶不分白天黑夜地全速前进，并对外声称是刘毅的弟弟刘藩奉命过来。
冬十月己未（二十二日），王镇恶抵达豫章口，此时离江陵城只有二十里了。官军下船，改为步行进军。蒯恩带兵走在前面，王镇恶紧跟在后面。前锋部队的一百条船每条船上只留了一二个人，停船的岸上立起六七面旗帜，旗下放置战鼓，王镇恶告诉留下的人：“你们估计我们就要到江陵城的时候，便不停地擂起战鼓，做出后面好像还有大部队的样子。（计我将至城，便鼓严，令若后有大军状。）”另外，他又分别派人去火烧江津那里的船舰。
王镇恶径直去突袭江陵城，他告诉走在前面的军士：“如果有人问，就说是充州刺史刘藩到了。（有问者，但云刘兖州至。）”刘毅派出守卫渡口的卫兵以及当地百姓听说是刘藩来了，都毫不怀疑。王镇恶离城还有五六里远时，正好碰上刘毅手下的重要将领朱显之准备去江津，他问道：“刘藩在哪里？（刘兖州何在？）”军士们说：“在后面。（在后。）”朱显之走到部队的后面也没有看到刘藩，却看见军士扛着盾牌、旁排等作战工具，又看见江津的船舰已经着火，江边擂鼓的声音又很大，恍然大悟这不是刘藩来了。于是他马上跳上马背，飞马回城向刘毅报告，并下令赶快关闭各个城门。王镇恶也紧跟着跑进城去，城门还没来得及关闭，王镇晋剧已率军进入了江陵城。
这天，卫军长史谢纯（谢安的哥哥谢据的孙子）进府去拜见刘毅，当他出来的时候听说官军杀到，左右侍从打算拉着他的车回去，谢纯呵斥他们道：“我是人家的下属，逃能逃到哪里去？（我，人吏也，逃将安之！）”于是又跑回刘毅府中报信。王镇恶和城内的士兵展开激战，一面又进攻江陵的牙城，从中午一直打到傍晚，城内的守军终于败退溃散了。王镇恶从牙城挖一个洞冲了进去，并派人把皇帝的诏书和赦免刘毅的文件以及刘裕写给他的亲笔信交给刘毅，刘毅见大势已去，他看也不看便全部烧掉了。刘毅和司马毛脩之等人督促士卒拼力死战。城内的人还不相信刘裕会亲自到来，可是军队中那些跟着刘毅从东方来的士兵，和朝廷来的兵有一些是表亲的关系，他们一边交战一边对话，这才知道的确是刘裕亲自来了，江陵的人心为此震骇离乱。到了夜晚，刘毅府前的卫兵全部逃散，手下的勇将赵蔡也被杀；刘毅身边的侍卫还关紧东西大门顽强抵拒。
王镇恶担心黑暗之中自己的士兵彼此误伤，于是又把部队带出城继续围困牙城，并把南面打开一个出口。刘毅害怕南面有埋伏，半夜的时候他率领三百个左右的侍卫，打开北门突围出去。毛脩之对谢纯说：“你只管跟我去。（君但随仆去。）”谢纯不同意，最后也被杀死。
刘毅连夜出城投奔到牛牧佛寺。当初，桓蔚失败的时候也跑到这里投奔牛牧寺的僧人昌。僧人昌把桓蔚藏了起来，刘毅发现后处死了僧人昌。这时刘毅也来到了这里，寺里的僧人们拒绝接纳他，他们说：“过去我们亡故的师傅昌收留了桓蔚，结果却被刘卫军处死，现在我们实在再不敢收容人了。（昔亡师容桓蔚，为刘卫军所杀，今实不敢容异人。）”刘毅哀叹道：“自己制订法律结果却断绝自己的活路，事情竟然会是这样的！（为法自弊，一至于此！）”于是，他自己上吊而死。
第二天，当地居民向官军报告，王镇恶便将刘毅的尸体拖到市中砍下脑袋。同时，刘毅的儿子、侄子等也都一起被处死。刘毅的哥哥刘模逃奔到襄阳，雍州刺史鲁宗之斩了他，并把人头送到建康。
刘毅有文化，但于战事确实不在行，竟然被王镇恶的先头部队偷袭成功，所以说书生造反三年不成。
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