《伤寒论》序文中：感往昔之沦丧，伤横夭之莫救，乃勤求古训，博采众方，撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪药录》，并平脉辨证，为《伤寒杂病论》，合十六卷。
因此后世多认为仲景据内经撰写而成《伤寒论》。故历代诸多医家认为《伤寒论》的理论来源于内经，如宋代成无己的《注解伤寒论》、《伤寒明理论》等以经解经，用内经的理论解释《伤寒论》的理论基石就是认为《伤寒论》的理论来源于内经。
在《汉书艺文志》中，已经很明确指出有经方、医经的不同学派。其中内经的理论体系是脏腑、经络为主，后世脏腑、时方多用内经理论指导。而采用脏腑的内经体系理论去理解伤寒，很多地方难以解释的通，不能窥得仲景经方原意。所以历代医家以内经释伤寒，越解越难明。
皇甫谧在《甲乙经序》云：“伊尹以元圣之才，撰用《神农本草》以为《汤液》，汉张仲景论广汤液为十数卷，用之多验”。称其书为“论广汤液”。陶弘景在《辅行诀脏腑用药法要》曰：昔南阳张机依此诸方，撰为《伤寒论》一部。宋高保衡等认为“仲景本伊尹之法，伊尹本神农之经”，可见仲景学有所承。承自于《神农本草经》、《汤液经法》。
现代钱超尘教授及近代的杨绍伊等经过考证后，均认为《伤寒论》序中“撰用”以下的23字为后人所加，非仲景文字。近代伤寒大家胡希恕先生经过毕生实践及研究后明确提出《伤寒论》属于经方一脉，而内经属于针灸家言，二者源流不同，故不能以内经释伤寒。可见《伤寒论》并不是沿用了内经的理论，同样《伤寒论》的六经也不是来源于内经的六经。（马家驹）
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