微生物长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。
一种看法认为它肥效很高，把它当成万能肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；
另一种看法则认为它根本不是肥料。
其实这两种都是偏见。国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。
因此，我们认为它是肥料，又与传统化肥和有机肥在概念和内涵上不同。
特点
微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。
因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。
发展前景
微生物在农业上的作用已逐渐被人们所认识。现国际上已有70多个国家生产、应用和推广微生物肥料，我国也有250家企业年产约数十万吨微生物肥料应用于生产。这虽与同期化肥产量和用量不能相比，但确已开始在农业生产中发挥作用，取得了一定的经济效益和社会效应，已初步形成正规工业化生产阶段。随着研究的深入和应用的需要不断扩大新品种的开发，微生物肥料现已形成：
(1)由豆科作物接种剂向非豆科作物肥料转化；
(2)由单一接种剂向复合生物肥转化；
(3)由单一菌种向复合菌种转化；
(4)由单一功能向多功能转化；
(5)由用无芽胞菌种生产向用有芽胞菌种生产转化等趋势。
不仅如此，近20年来，许多国家更认识到微生物肥料作为活的微生物制剂，其有益微生物的数量和生命活动旺盛与否是质量的关键，是应用效果好坏的关键之一。为此，现已有许多国家建立了行业或国家标准及相应机构以检查产品质量。我国也制定了农业部标准和成立微生物质量检测中心，并已于1996年正式对微生物肥料制品进行产品登记、检测及发放生产许可证等工作。
1997年，在意大利洛克菲勒基金会中心召开的生物固氮：全球挑战与未来需求国际讨论会上，各国著名科学家制定了一个到21世纪生物固氮增加需求的行动计划，其中就包括发展微生物肥料以增加豆科和非豆科产量，我国也在微生物肥料发展形势下加大了研究力度。相信随着科学的进步，研究和生产发展的需要及监督制度的完善，微生物肥料一定能健康有序地发展，为农业增收发挥其应有的作用，前景将是非常广阔的。
注意事项：
（一）要求土壤墒情适宜。
土壤太干或太湿都不利于菌肥肥效的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度最为适宜。
（二）不能与杀菌剂混用
菌是菌肥的主要体现，杀菌剂容易杀灭菌肥中的活性菌，降低菌肥的肥效。
（三）与化肥混用，要注意化肥用量不能过大。
高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
（四）不同种类的菌肥也不宜混用。
市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抑制作用还不是很清楚，若相互抑制，则会降低肥效。
使用方法：
一、 作底肥：每亩用量2kg，耕地时均匀撒施。
二、 作追肥：每亩用量1-2kg追施。
三、 作滴灌与冲施：取清液配合常规肥料浇灌，残渣作基肥用，可改良土壤。
四、 作种肥：适量拌种，按常规育苗或播种方法使用。
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