应该是清朝的责任更大一些。
清朝的皇帝比明朝的皇帝更加勤政一些，也没有出现大的昏君、暴君，没有出现太监干政，但是清朝有一个致命的问题：封闭，保守，钳制思想。而西方的现代化正是从政策的开放和思想的解放开始的。
清朝取代明朝，对中国的国家命运而言，是一种武力强悍的部落文化代替了汉族文化，除开国时的武力外，其他少有所长，满族文化对中华汉文明也没形成什么有益的补充。这一点还不如元朝，因为元朝并不钳制汉人的思想和文化，而且还带来了数学、天文等先进学术。
清朝皇帝始终觉得这是汉人的天下，不敢让社会活跃起来，从思想、言论到商业都是严加控制。中国在国土上虽然是个巨人，但思理畏首畏尾，行动上束手束脚，这也不行，那也不敢，焉能不落后？
由于大兴文字狱，有清一代，二百年没有思想，没有学术，只有寻章摘句的文字考据之学，与西方的哲学完全不能对话。而明朝虽然有几个皇帝比较残暴，但对思想、言论却并不干涉，所以才能产生影响深远阳明心学和东林学派，遍地书院，思想自由，学术自由，言论自由，社会各阶层活跃，而且明朝的皇帝对与西方的交流并不排斥，火器、技术并未落后于西方，郑和下西洋这种事情在清朝是无法想像的。在学术和哲学上，与西方的对话一直在进行，也并未落后。思想的封闭，对西方的一切视而不见，直到对方打上门来还死要面子活受罪。
明朝的商品经济虽然不如宋朝发达，但明朝的课税并不高，没有利好的鼓励政策，也没有严格剥削控制，所以明朝后期东南沿海手工已经相当发达，史学家认为已经出现了资本主义萌芽。而于南方一直坚持抗清很多年，所以清朝对南方极不放心，对交流型的商业、人员聚集型的手工业严加控制，不允许做大。地方政府的权力更是降到了中国历史上的最低点，小无可小，动辄就要报中央裁定，在这种控制之下商业怎么能发达起来？
很多清朝的支持拿国土疆域来说事儿，其实历史上疆域和现代的领土是两个概念，在以农业为主的时代，西北这些干旱边远之地的政府人员和驻军，一直要靠中原来供给，除了边境的安全，经济上只赔不赚，如果不是出于国家安全考虑，在地下资源尚无法利用的时候，这些地方确实没什么用。而且，西方对清朝的打击恰恰是来自东南沿海，而不是西北高原。
最后，历史充满了变数，历史不能假设，就事论事，明朝与西方比并未落后，西方对中国的全面超越都是发生在清朝，即使抛开其他，单从这一点上讲，责任也在清朝。
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