刘渡舟认为，“张仲景的三阴三阳六经辨证，以及后世的八纲辨证，无不以阴阳辨证为纲，这完全符合《素问·阴阳应象大论》：'善诊者，察色按脉，先别阴阳’的精神实质。”（刘渡舟编著，《伤寒论》十四讲.天津科学技术出版社，1982：6.）姜春华将《伤寒论》中的阴阳相关概念，和《黄帝内经》进行了比较分析后，得出结论：“《伤寒论》之六经，赅表里寒热虚实、经络脏腑营卫气血精气，以及邪正消长诸方面，实由《内经》而来，而归纳之于三阴三阳，发展成为新体系，则仲景之创获也。”（姜春华著，伤寒论识义.上海科学技术出版社，1985：190）
从《黄帝内经》到《伤寒论》，反应了中医理论的临床飞跃，从逻辑上规范了中医理论的临床实践活动，是不容割裂的。学习《伤寒论》，我们可以看到，“知犯何逆”的“逆”，既有表、里、营卫、气血、阴阳、膀胱、脾、胃等病位，寒、热、虚、实等病性，还有风寒、燥屎、蓄血、蓄水、水气等病邪，而且同样把“和”作为疗效标准，这与《素问·至真要大论》“令其调达，而至和平”的疗效标准相一致。《伤寒论》辨别病势传变、分清表里先后等等“随证治之”的论治思想，与《素问·至真要大论》“从内之外者调其内，从外之内者调其外，从内之外而盛于外者，先调其内而后治其外，从外之内而盛于内者，先治其外而后调其内”等，也存在逻辑一致性。割裂《黄帝内经》和《伤寒论》的逻辑联系，会破坏中医理论体系的自然完整性，导致中医临床转化的混乱。
4.中药的转化
中药是中医辨证论治的武器之一。什么是中药？在中医理论指导下运用，蕴含了天地自然之气，与生命之气存在阴阳同构性和动态一致性的自然完整性的药材。
清·高世拭《医学真传》：“天地有五运六气，人身亦有五运六气，而百卉草木亦莫非五运六气。……药性必分藏腑经脉，升降出入，或行皮毛，或解肌腠，或通经脉，或起水土之气上行，或助金木之气转输，或秉沉降之性下降，以药性之运气，合人身之运气而用之，斯为有本。”地球生命的历史，是同风雨共患难的历史，以动植物为主要药物的中药和人，共同存在于天地之间，存在于寒暑之中，上受日月精华，下受地气养育，中药也就具有了和人体生命相因相应的阴阳同构性，存在“阴阳神气”的关联性。
第二版《中医大辞典》：“中药，在中医理论指导下应用来源于植物、动物、矿物及其成品的中国传统药物的总称。”这个定义，包含了二层意思，一是在中医理论指导下运用的药物，二是来自于自然的、不是制药工厂生产的。这二者互为补充，没有中医理论指导的不是中药，工厂生产出来的也不是中药。
根据《中医大辞典》的中药定义考察我们的临床，有多少算得上是真正的中药呢？从应用角度看，按照药理效应运用的中成药、注射剂等，没有中医理论的指导，缺乏理、法、方、药、护的病机对应逻辑，这样的药物不能称之为中药。从药物本身看，许多所谓的中成药，都分子化，自然整体性已经消失，没有了作为中药的基本属性，颗粒浓缩提取有效成分，同样不属于中药。
天然的植物、动物、矿物及其成品，经过有效成分的分析提纯，具备了和西药同样的性质，也就和西药一样，“犹如一把双刃剑，可以治病，也可以致病。在临床上，药物不良反应并不罕见，药品本身的毒副作用，患者的不同体质，临床应用是否合理，如是否超适应证用药？是否超剂量用药？是否有不合理配伍？给药途径是否正确等，都可能引起不良反应（事件）。”（田晓青.早期识别 预防为先.中国中医药报，2012年1月5日30版.）
辨证论治的中药，临床以“适”为运用原则，以证候病机为治疗目标，“适大小为制”，“适其至所为度”，无过无不及。清·徐大椿《医学源流论.卷下.治病不必顾忌论》：“古人用药，唯病求是。药所以制病，有一病，则有一药制之。其人有是病，则其药专至于病所而驱其邪，决不反至无病之处，以为祸也。若留其病不使去，虽强壮之人，亦必精神耗竭而死，此理甚易明也。”
要说明两点。一是不能把民间流行的“中草药”等于中药。从来自天然，不是工厂生产的这一角度看，“中草药”好像就是中药，但如果从中医理论角度看，则只有对药物的气、味、功效、配伍特性等有明确认识的自然药物，才是中药，才能够纳入中医理论体系而成为辨证论治实践的工具。没有气、味、配伍等理性认识的天然药物，不能算中药。
中药来自草药。草药是中药的初级形式，是原始对症医疗的手段，是经验式的，口口相传的。中药就是草药无数次的生命实践，形成了规律性认识，才纳入中医药理论。草药是没有中医理性认识的自然药物，盲目性较大，容易发生药源性损害，中药是具有中医理性认识的药物，目的性较强，生命安全性较大。从草药到中药，需要生命体验的实践过程，需要一个中医理论的分析总结过程。其实，真正意义上的草药已经很少了，在近现代的中草药文献中，都上升到了气、味、功效等理性认识的高度。
二是中药的性味与归经的关系问题。根据五行理论，五藏与五味是藏腑对应的，苦味入心，酸味入肝，咸味入肾，辛味入肺，甜味入脾，可在不少的本草著作，五味的归经存在很大的出入。这种现象的出现，与中药性味的多样性和医生的临床实践密切相关，反映了实事求是的文化态度。
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