宋神宗元丰时期，1082年。
一日，宋神宗盛怒，批令斩杀一名漕官。第二天上朝，宋神宗问宰相蔡确：“昨日朕批示要杀的人，已经执行了吗？”蔡确回奏：“臣等正准备报告此事。”宋神宗追问：“杀个人难道还有什么疑问吗？”蔡确于是说，自宋太祖开国以来，我朝不曾杀过士人，臣等不愿看到陛下破例。宋神宗沉吟许久才说：“那就将他刺面发配吧。”
这时，门下侍郎章惇忽然站出来，说：“陛下，这样还不如把他杀掉算了。”宋神宗反问：“这是何故？”章惇上前回奏：“古人言，士可杀不可辱。依臣看，杀头比刺面流放要好受得多。”
宋神宗一听，火冒三丈：“朕乃天子，难道连一件快意的事都做不成？”
章惇连忙对宋神宗说：“陛下，像这种快意的事，臣以为还是做不成的好。”
宋神宗默然不语，冷静后，怒气渐消，对蔡确、章惇等人说：“这件事就由你们酌情处理吧。”
从来奸臣只有溜须拍马、逢迎皇帝作恶的，哪有如章惇、蔡确这般，当面顶撞，给皇帝制造不痛快的奸臣？
宋哲宗元祐元年，1086年。
高滔滔临朝，司马光拜相，新法陆续被废，但此时免疫、青苗等法尚存，司马光抱病上疏，请求5日之内罢除免役法，否则“死不瞑目”。
对此，章惇针锋相对地反驳说，“今日更张政事，所系生民利害，免役、差役之法最大，极须详审，不可轻易”，若真在5日内改免役法为差役法，“更张草草，反更为害”。
免役法，是王安石执政时期，为了减轻百姓负担推行的新法。原本百姓需要向朝廷服役，现在只要交免役钱，由朝廷雇人服役就行了。这项制度顺应了商品经济发展的趋势，虽然在执行中出现了一些弊端，但如果因噎废食，彻底否定，开倒车返回差役法，则显然是不理智的。所以，不仅章惇，连保守派阵营内的人，都劝司马光要慎重。
但司马光一意孤行，为了反对而反对，此事做得不像一个理智的政治家。当闲居南京的王安石听说司马光要改免役法、复差役法时，愕然失声说：“亦罢至此乎？”沉吟良久，他又自言自语：“此法终不可罢！”说完，平生坚强的王安石老泪纵横。
章惇人在朝堂上，他清楚地知道时移势易，保守派要干的事容不得他一个变法派的人说三道四。他若保持沉默，或许还能保住自己的位子。但他不管不顾，就是要捍卫王安石变法的心血。保守派轮番弹劾他，他却“不贬不去”，不顾名声和安危，宁愿被贬也不自请外放，要换取时间来捍卫王安石最为看重的免役法。
史书说，章惇在高太后帘前与保守派争论，多有不逊之词，“太皇太后怒其无礼，乃黜之”。
罪名的认定大有学问，高太后等人当然不能以坚守新法的理由罢黜章惇，尽管这是根本原因。于是，章惇便被加上“轻薄无礼”之类的罪名，被轰出了朝廷。
从来奸臣只有审时度势、迎风而上的，哪有如章惇这般，逆势而行，给自己制造麻烦的奸臣？
宋哲宗元符三年，1100年。
宋哲宗去世，向太后在事先选定端王赵佶为皇位继承人的情况下，假意征求宰执的意见。
章惇又不合时宜地站出来，说按照程序应当立谁谁谁。向太后反对。章惇还是不知迎合，又说那应该立谁谁谁。向太后又反对。
见章惇两次都不上路子，向太后只好以先帝宋神宗的名义说，端王赵佶“有福寿，且仁孝”，可以立为君。
说得这么明显了，章惇依然执拗地坦言：“端王轻佻，不可以君天下。”
话没说完，与章惇同朝的曾布怕受牵连，对着章惇吼了一句：“章惇听太后处分！”端王赵佶由此继位为宋徽宗。
其他大臣揣摩上意，一味附和，章惇却一再力争，不管不顾。要知道，这时候的章惇可不是一个政坛愣头青，而是一个曾掌朝政七八年、富有政治经验的66岁老臣啊，他不可能不知道直言的后果会危及自身的地位。但他知道赵佶轻佻，“不可以君天下”，为天下社稷苍生计，他不能不力争。
可悲的是，这次力争的失败，最终造成了北宋的沦亡，证明了章惇的远见卓识，而章惇和他的家族则彻底葬送了政治前程。
从来奸臣只有攀龙附凤、投机取巧的，哪有如章惇这般，不识好歹，押上个人和家族前程尽说大实话的奸臣？
尽管传统的正史把章惇诋毁成一个奸臣，但在历史的叙事中，仍然掩不住他作为一个直臣的光辉品格。
由元祐党人后人执写的史书，因为反对变法派而抹黑章惇的人品，但他们除了空口无凭说他“有才无行”，却举不出具体的例子来论证他们的判断。恰恰相反，他们写下来的关于章惇的事迹，反过来证明了章惇是一个做事有原则、做人有底线的人：
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