后来，萧宝卷昏虐日甚，专事诛杀，朝中大臣人人自危，徐孝嗣也心怀恐惧。部下有人劝他行废立之事，他迟疑许久才说：“主上昏庸暴虐，已成社稷之害，看来不废黜他不行了。但此时断不可妄动干戈，伤害无辜。最好的办法是等到皇上再出城巡游时，突然关闭城门，然后召集百官计议，以礼废之。”后来，他把这个意思对沈文季说了，但沈文季不置可否。徐孝嗣处事向来优柔寡断，他见此事得不到沈文季的支持，便不敢独立行事。事情便这样搁置下来了。
这一年（499年）十月，萧宝卷得到风声，决定先发制人，杀掉徐孝嗣等人。乙未（二十三日）这一天，他下诏命徐孝嗣、沈文季、沈昭略等人入宫。沈文季知事情败露，却处变不惊，举动如常，上车时回头对其家人说道：“我这一去恐怕再也回不来了。”家人纷纷痛哭流涕，目送他乘车离去。
入宫后，萧宝卷命嬖幸茹法珍用药酒毒死徐孝嗣等人。沈昭略见状大怒，对徐孝嗣骂道：“废昏立明，乃古今令典。你身为宰相，却尸位素餐，无所事事，所以才有今日之败。”说罢，把手中酒具向徐孝嗣脸上扔去，骂道：“你枉为宰相，有何面目去见九泉之下的列祖列宗？我临死也要让你做一个破面之鬼！”
徐孝嗣辩解道：“始安王萧遥光起事时，我想响应，便和尊叔商量，但尊叔不同意。假若尊叔赞同，岂有今日之恨！”
沈昭略见他说出这些话来，抬眼看了看叔父，也便低头不语。
过了一会儿，沈文季叔侄二人药力发作，倒地死去。那徐孝嗣酒量甚大，喝了一斗多药酒，才慢慢死去。
事后，萧宝卷又派人去杀他们的家属。徐孝嗣的两个儿子都是驸马，也没能幸免。沈昭略的弟弟沈昭光事前得到消息，家人劝他逃走，他不忍心舍弃老母独自逃走，拉着母亲的手悲泣不止，终于被杀。沈昭略的侄子沈昙亮已经逃出虎口，听说沈昭光被杀，仰天叹道：“家门屠戮殆尽，我何以独生！”也刎颈而死。
萧宝卷杀死“六贵”，使得朝野上下人心惶惶，各自都在寻找自全之策。太尉、江州刺史陈显达首先起兵反抗。
陈显达在高、武二帝时就是有名的将领，多次立有大功，因此官职不断升迁。他为人谦厚有智计，自以为出身低微，每次升官都面有愧惧之色。他经常告诫子女说：“我本意并不及此，你们出外不要招摇！”但家族豪富之后，他的几个儿子仍免不了富贵子弟的纨绔之气，经常与一些人在一起比牛赛马，竞相奢侈。他知道后很生气，对他们说：“这些事都是王、谢等世家子弟干的，你们不能这样做！”他把麈尾、蝇拂一类东西都搜出来烧了。
齐明帝即位后，大杀高、武子孙。陈显达身为高、武旧将，内怀畏惧，更加谨慎小心。他经常乘坐破旧牛车，随从也只用一些羸弱之人。有一次，齐明帝设宴款待众臣，他乘酒向齐明帝借枕头休息。枕头拿来后，他抚摸着枕头说：“臣年已老，富贵已足，再无所求。请陛下将这个枕头赏赐给我，作为枕尸之用。”齐明帝闻言大惊，忙对左右侍从说道：“陈老将军喝醉了，快扶他下去休息。”
这次宴会以后，陈显达以年老体衰为由，请求齐明帝准予致仕（周礼：大夫七十而致仕。即退休），齐明帝没有批准。
王敬则起事时，陈显达正受命和北魏作战。始安王萧遥光担心他响应王敬则，建议齐明帝将他追还建康。王敬则叛乱很快被平定，齐明帝也就没有调回陈显达。陈显达得知这一消息，更加忧惧，以至患病。他想尽早结束这种忧心忡忡的日子，也不令医生诊治，以求一死百了。不料，疾病竟不治自愈。
萧宝卷即位，日以屠戮大臣为事。陈显达更不愿意返回建康。不久，萧宝卷任命他为江州刺史。陈显达闻讯，心中甚为高兴。
徐孝嗣等人被杀后，人们纷纷传言萧宝卷要派兵袭击江州（今江西九江市西南）。陈显达闻讯，决定先发制人。这一年十一月十五日，陈显达举兵讨伐萧宝卷。又发布文告，列举萧宝卷的罪恶，同时拥立建安王萧宝寅（萧宝卷的六弟）为帝。接着，陈显达挥师东下，在采石（今安徽当涂县北）打败禁军将领胡松，迅速进军落松岗（今江苏南京市内）一带。萧宝卷十分惊慌，急调各路兵马保卫建康。
十二月十三日夜，两军会战于建康城外。陈显达身先士卒，几次击败官军的进攻。后来，官军的援军陆续赶到，陈显达战败后策马逃走，被人追杀于乌榜村（今江苏南京市内），时年七十七岁。不久，萧宝卷又杀了他的全家。
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