南方红巾军遭受重创的同时，北方同道却在蓬勃发展。虽然李二、王权、孟海马等部都被镇压下去，红巾军正统刘福通部却在汝宁、项城接连打败元军，知枢密院事也先帖木儿甚至被义军吓得不战而溃。这支红巾军主力的存在，使得大都方面的主要精力始终集中在北方，再加上南方义军方国珍、张士诚等都在坚持，因此天完义军的再度崛起只是时间问题。
方国珍部多为水军，元军水师战斗力稍微弱些，一时拿他没办法，只能不停地用官职笼络他。已称王建国的张士诚部则成为继徐寿辉之后、元军在南方的重点围剿对象。至正十四年（公元1354 年），总统各路元军的脱脱亲率大军围攻高邮。西域、西番乃至高丽都遣军相助，元军号称达到百万，旌旗千里，金鼓震野。
高邮城被围到水泄不通，张士诚每战必败，天长、六合等地也被脱脱攻陷。城外矢石如雨，高邮几次差点被攻破，张士诚甚至一度动了投降的念头。眼看他即将不支之际，监察御史袁赛因不花等弹劾脱脱空劳师费财，元顺帝一时糊涂，竟削去脱脱官爵，以河南行省左丞相太不花、集贤大学士知枢密院事雪雪等代之。
临阵换帅是兵家大忌，脱脱素有威望， 深得军心。罢免他的诏书被宣读以后，军中闻之，皆大哭。随后百万元军人心浮动，竟一哄而散。张士诚乘势反击，取得了一场意外的大胜，实力大增。
高邮之战后，元末农民战争的局势发生了历史性的扭转。元军主力尽失，刘福通趁机在亳州建立政权，国号大宋，年号龙凤，以韩林儿为帝，史称小明王。刘福通又于至正十六年（公元1356 年）九月开始分兵三路北伐。元廷无力抵御，只得委托北方豪族组织的义军代剿。察罕帖木儿、李思齐等民间武装借机崛起，成为红巾军最危险的强敌。
在南方，元军的扫荡力度也大大减弱， 开始对红巾军以招抚为主。正躲在黄梅山和沔阳湖里打游击的徐寿辉、陈友谅复出，以汉阳为都重建了天完政权。武昌、岳州、饶州、徽州、常德等地一时又成了天完的领土。
然而，此时的天完政权内部结构已经发生了很大变化。由于彭莹玉已经牺牲，义军中一时找不到第二个号召力能与他相提并论的领导人，而徐寿辉生性宽厚，缺乏领袖气质，于是在重建天完政权中出力最大的黄州黄陂渔夫倪文俊，成了天完军实际上的首领。
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