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基因编辑:MINORg生成最小的gRNA组合

MINORg是一种离线gRNA设计工具,它可以生成最小的gRNA组合,能够覆盖多个非参考基因组中的所有预期目标。随着对泛基因组研究兴趣的增长,多个个体大屏幕所需的工作量也随之增加。MINORg旨在通过利用序列同源性来支持多靶点gRNA,同时筛选多个遗传背景,以生成可重复使用的gRNA面板,从而减轻这一工作量。我们通过敲除两个拟南芥谱系中以多基因簇串联排列的11个同源基因,并使用MINORg输出的三个gRNA,展示了MINORg的实际应用。源代码可在https://github.com/rlrq/MINORg.

MINORg is an offline gRNA design tool that generates the smallest possible combination of gRNA capable of covering all desired targets in multiple non-reference genomes. As interest in pangenomic research grows, so does the workload required for large screens in multiple individuals. MINORg aims to lessen this workload by capitalising on sequence homology to favour multi-target gRNA while simultaneously screening multiple genetic backgrounds in order to generate reusable gRNA panels. We demonstrated the practical application of MINORg by knocking out a 11 homologous genes tandemly arrayed in a multigene cluster in two Arabidopsis thaliana lineages using three gRNA output by MINORg. Source code is freely available at https://github.com/rlrq/MINORg.

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