自然遗产地域上的失衡十分明显，国内对青海、西藏、新疆等省区的遗产资源挖掘仍不够深入，因此，需要进一步加强对重点地区的研究。
当前中国的自然遗产申报和保护存在诸多关键问题。首先是遗产类型比例的失衡。中国与全球各类型遗产地的比例呈现出高度一致性，文化遗产占很强的主导地位，接近70%；自然遗产数量严重偏少，仅占22%。其次，遗产标准代表性不全面。中国14处世界自然遗产中，符合世界遗产第（Ⅷ）（Ⅸ）条标准的数量偏少，符合世界遗产第（Ⅸ）条标准的，仅有云南三江并流和新疆天山2处，多数自然遗产都是符合第（Ⅶ）条标准。再次，中国对自然遗产特别是风景名胜区的潜在价值研究不足。中国的风景名胜区具备自然与人文有机融合的特点，中国的4项混合遗产和4项世界文化景观均为风景名胜区，对它们展开进一步研究应当作为我们以后工作的重点。另外，自然遗产地域上的失衡也很明显，国内对青海、西藏、新疆等省区的遗产资源挖掘仍不够深入。最后，当前自然遗产保护与发展的矛盾突出，对保护的认识不到位，出现了重申报、轻维护，重开发、轻保护的现象。中国城镇化的高速发展导致一些遗产地过度开发，外加管理制度不完善，许多地方受到世界遗产委员会的批评警告。
对于这些问题，中国展开了大量针对性研究工作。一是加强对重点地区的研究。例如西藏如此广阔的地域至今没有一处自然遗产，新疆也只有天山这一个自然遗产，包括新疆、西藏、青海在内的广大西部地区存在许多具有潜在遗产价值的地方，值得深入研究。二是加强对重点遗产类型的研究，包括对文化景观、自然与文化双遗产申报类型的研究，以及世界遗产委员会鼓励申报的沙漠、海洋等类型的遗产价值研究。三是加强对潜在遗产资源的生物多样性、生态系统、地质遗迹等方面突出普遍价值研究，特别是符合世界遗产第（Ⅷ）（Ⅸ）条标准的遗产价值识别研究，打破遗产标准上的不平衡。四是加强对遗产资源价值和功能的区域性、复合性、多学科的综合性研究。世界文化景观强调自然与人文的有机融合，具有价值多重性，可以加强同文物系统的合作，对遗产进行综合性研究。
根据研究成果，中国制定了一系列相应的法律政策、监测监督、能力建设、公众参与等保护政策。自然遗产的保护主要依赖法律制度的层面，例如风景名胜区条例、自然保护区条例等。在现行法律法规的执行力进一步强化的同时，世界遗产保护的专项规章或管理办法也亟需制定，以增强管理的针对性，还需借鉴国际遗产管理经验，来完善遗产管理制度。
此外，空间技术也被广泛应用到自然遗产的保护中。中国已利用遥感卫星开展10多年监测，监测人为原因对自然遗产地造成的破坏。许多自然遗产范围内的违章建筑，都是通过监测得到有效制止和保护。目前中国已对24处世界遗产进行了3次监测，包括所有自然遗产、混合遗产以及部分涉及风景名胜区的文化遗产，监测覆盖范围达1.64万平方千米。为配合世界遗产第二轮定期报告，住建部做了大量的监测工作，根据地区监测报告和反应性监测，组织开展公约实施的评估，评估遗产地的突出普遍价值，检查遗产地保护状况和周边环境变化，对如何应对遗产地的威胁因素进行政策性研究。
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