1925年
Heisenberg发表了第一篇量子力学的文章，一个新的学科诞生了；
1926年
Schrodinger发表了著名的波动方程，后来这个方程以他的名字命名；
1927年
采用量子力学的方法计算了氢分子的轨道，量子化学由此诞生；
1930年
Andrews提出分子力学的基本思想；
1933年
Bernal, J. D.和Flowler, R. H提出了水的原子模型；
1946年
Frank Westheiner完成了第一次分子力学计算；
1950年
Barton指出替代环己烷的反应活性同附近基团的性质相关；
1951年
L. Pauling提出标准阿尔法螺旋结构的结构模型;
1953年
Metropolis和他的合作者报道了世界上第一例蒙特卡洛模拟；
1953年
用手摇计算机完成了氮分子的Hartree-Fock等级的从头计算；
1957年
Alder和Wainwright报道了世界上第一例分子动力学模拟；
1959年
Kauzmann提出疏水作用是稳定蛋白质结构的主要作用的一种；
1961年
Hendrickson发表了环己烷构象稳定性的计算结果；
1964年
Rahman采用Lennard-Jones函数对于液体氩进行了分子动力学模拟；
1964年
电子密度泛函理论提出；
1967年
Loup Verlet提出Verlet neighbor list和Verlet积分方法；
1967年
Verlet N计算了稀有气体的热力学状态方程，后来被实验所证实；
1968年
Lifson和Warshed开发了自洽力场(Constant Force Field)；
1969年
Levitt, M和Lifson, S. J报道了第一次采用分子力学的方法对蛋白质结构进行优化；
1971年
Lee和Richards提出了可及表面的概念。
1971年
Stillinger和Rahman模拟了液态水的分子动力学过程；
1976年
Warshel和Levitt第一次采用QM/MM的方法研究了溶菌酶的催化机制；
1977年
McCammon, JA等人报道了第一类蛋白质分子动力学模拟。
1977年
约束算法SHAKE被引入分子动力学的模拟；
1978年
Streett W. B., Tildesley D. J.以及Saville G.引入Multiple-time step的积分方法；
1978年
Molecular Design, Ltd.公司成立，这是第一家以生物计算为目的的公司。
1979年
Levitt等人采用了分子动力学方法揭示了X射线晶体衍射B因子的起源；
1980年
Journal of Computational Chemistry杂志创刊
1981年
Peter Kollman发表了第一个AMBER力场；
1982年
N.L. Allinger出版了第一本关于分子力学的专著：Molecular Mechanics；
1982年
Warwicker J.和Waston H.提出了连续介质模型；
1983年
Martin Karplus发布了分子力学与分子动力学模拟程序CHARMM；
1983年
Michael Connolly发表了蛋白质和核酸分子计算溶剂可及表面的方法；
1983年
W. F. van Gunsteren等人发表了分子力学与动力学程序GROMOS；
1983年
Levitt完成了第一类核酸的分子动力学模拟；
1984年
Peter Kollman发表了分子力学与分子动力学程序AMBER。
1986年
Honig B.发展了FDPB的方法预测蛋白质表面的静电势以及酸碱解离常数；
1986年
McCammon采用自由能微扰的方法成功计算了胰蛋白酶与其抑制剂苯甲脒类似物的结合自由能；
1987年
Journal of Computer-Aided Molecular Design杂志创刊发行；
1989年
Allinger等人发布了分子力学与分子动力学模拟程序MM3；
1990年
提出了一种新的间接溶剂化方法-GB法;
1991年
Gromacs的第一个版本发表，这个软件遵守GNU协议；
1991年
Kitao, Hirata和Go提出采用主成分分析法分(PCA)析动力学轨迹文件；
1994年
quist提出了基于线性响应近似来计算自由能的方法；
1996年
N.L. Allinger 等人发表了MM4程序；
1998年
美国化学家库恩(Walter Kohn)和英国科学家波普尔(John A. Pople)因为对量子化学的贡献获得诺贝尔化学奖；
1998年
IBM投资10亿美元，研制速度为1000万亿次/每秒的超级计算机'蓝色基因'，用于生物分子的模拟研究；
2000年
第一届国际结构基因组会议召开，美、英、法、德、加拿大、荷兰、以色列、意大利、日本9个国家开始结构基因组计划的合作；
2003年
Pengyu Ren和Jay W. Ponder提出了水的AMOEBA模型，这是一种可极化的水的结构模型；
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