克尔凯郭尔被认为是使欧洲哲学发展发生近现代转型的重要人物之一。他所实现的转型的主要内容就是以孤独的、非理性的个人存在取代脱离人的客观物质或理性意识的存在来当做哲学研究的主要内容，以个人的非理性的情感活动，特别是厌烦、忧郁、绝望等悲观情绪代替感性或理性认知，特别是代替黑格尔主义的纯思维、理性和逻辑来作为揭示人与世界及上帝的真谛的出发点，而这也正是他的全部哲学和宗教研究的出发点。
克尔凯郭尔哲学的某些内容被认为得自他个人反常的、非理性的经验，其中有的甚至还带有他个人的自传色彩。然而更为重要的是他受到欧洲，特别是德国哲学发展中的非理性主义潮流的强烈影响。这种潮流自19世纪以来日益明显，甚至有取代传统理性主义之势。在克氏开始活动的19世纪40年代，曾在德国哲学中占统治地位的黑格尔主义迅速衰落，受到了来自不同方面的批判，其中就有叔本华、后期谢林等人从非理性主义立场进行的批判。黑格尔学派也由之分化解体。青年黑格尔学派越来越倾向于用非理性主义精神来重新解释黑格尔；对当时德国思想发生过相当大影响的德国浪漫主义作家也有此倾向。欧洲和德国哲学中的这种非理性主义思潮在丹麦也产生了很大影响，并深深地吸引了克尔凯郭尔。他对谢林之把实在当做个人伦理上的实在的论述，以及德国浪漫主义者企图在孤独的个人的主观体验中去把握真正的实在和内在的无限性的观点都极为赞赏，并把它们与基督教传统中的非理性主义方面联系起来。他的哲学正是欧洲哲学和宗教中的非理性主义思潮发展的产物。
克尔凯郭尔明确地把自己的哲学与传统哲学对立起来，特别是把对以黑格尔为代表的理性主义的批判当做自己哲学的根本方向。对黑格尔主义的批判几乎成了他全部著作的一根轴线。他认为，黑格尔哲学的根本错误在于把逻辑必然性当做实在的统一性的最高原则以及理性和实在的统一性的保证，并由此陷入了“客观主义”。因为黑格尔把纯逻辑，即纯思维或者说客观精神当做一个具有普遍性和必然性的统一整体和封闭的系统，当做唯一真实的存在，并企图由此推论出其他领域的一切。世界无非是这种客观精神的必然显露，一切具体的、特殊的存在无非是这个普遍存在的实例，是这个整体中的某一阶段中的某一成分。按照这种观点，个人的存在也是被决定的，因为个人也无非是这种普遍的、纯思维的偶然的表现。人的自由是一种被理解了的必然性，人的道德和宗教情感是普遍理性的附属品。这样人实际上失去了自己的自主性和独立性，失去了作出决定和进行选择的可能性，失去了自己的个性和自由，从而也将使自己忘却了对所发生的事件的责任，取消了个人从伦理上对待自己和世界的可能性。黑格尔哲学是一种用思想整体来牺牲个人、使人非人化的哲学，是对人的地位和尊严的一种蔑视。
值得提到的是：克尔凯郭尔在批判黑格尔时，竭力驳斥老年黑格尔派把黑格尔的体系看做是对基督教的充分论证的观点。后者认为，基督教并不认为理性和信仰这两种因素是人类精神的两种相互对立和排斥的东西。尽管它们各有特点、不能相互取代，但它们有着必然的联系，形成为人类精神和意识的一个统一整体。从圣保罗开始，基督教就力图将希腊的理性文化与犹太的信仰文化融为一体，而这种努力在黑格尔体系中得到了最后的完成。黑格尔哲学是对基督教信仰的一种思辨的论证。克尔凯郭尔认为黑格尔主义对基督教和宗教生活以及信仰本身的思辨论证完全是虚妄的。其全部论证都犯了亚里士多德在《前分析篇》中早已指出的循环论证的错误，即把待证明的结论当做前提。黑格尔待证明的结论是他的纯逻辑体系的统一性和实在性，然而他却总是把这种统一性和实在性当做他的整个论证的前提。这样他的论证必然似是而非。
克尔凯郭尔如同黑格尔一样企图把具有单一性和偶然性的个别存在与绝对或上帝联系起来，但两人在建立这种联系上方向相反。黑格尔认为唯一真实存在的是作为纯逻辑、纯思维的绝对，从而企图用逻辑必然性来建立这种联系。克尔凯郭尔则认为真正作为绝对存在的是超越理性思维和逻辑的上帝。每一个人的真正存在和自由是在上帝面前的存在和自由，它们的获得不是依靠理性和逻辑，而是依靠人与上帝的直接（没有中介）接触，即个人以自己独特的方式对上帝的内心体验，或者说作为可能性存在的人自主和自由地趋向上帝的活动。
图为《逻辑学（上卷）》（[德]黑格尔 著，杨一之 译）
总的说来，克尔凯郭尔对黑格尔的批判是围绕着可能性与必然性、个别存在与绝对（上帝）、信仰与理性等之间的关系来进行的。从克尔凯郭尔驳斥老年黑格尔派关于黑格尔主义是对基督教的最后证实这一观点来看，他的批判似乎是一种护教论意义的批判。然而，克尔凯郭尔批判的是对理性和逻辑必然性的崇拜，他在强调可能性优先的名义下强调人的非理性存在的意义以及人的个性和自由。从这种意义来说，他的批判可谓改变了黑格尔哲学所体现的理性主义思维方式，将西方哲学发展引向后黑格尔时代，也就是现代哲学发展的时代。
在克尔凯郭尔在世及死后的几十年内，他的哲学只流传于丹麦少数崇拜者圈子里。1877年丹麦著名文学批评家布兰代斯（G.M.C. Brandes，1842—1927）对他作过高度的评价。19世纪末20世纪初，他开始受到德、奥等国一些学者的注意。他对传统宗教的反叛为瑞士神学家卡尔·巴特（Karl Barth，1886—1968）等新正统派神学家所称道，他在心理学方面的创新思想受到了弗洛伊德的赞许。但只有当本世纪存在主义在欧洲出现和盛行起来后，由于他的理论成了其重要理论来源，克尔凯郭尔才被视为存在主义的先驱而在西方哲学界享有盛名。法兰克福学派的一些学者也承认他们受到克尔凯郭尔的启迪。存在主义等当代流派被认为继承和发挥了19世纪中期以来西方的非理性主义哲学思潮，作为存在主义先驱的克尔凯郭尔也由此被公认为是这一思潮的重要开创者之一。正因为如此，有的西方思想家认为，“就其一生和著作的影响来看，克尔凯郭尔更多地是属于20世纪，而不是属于他自己那个世纪”。
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