今天是第1705期日报。
Cancer Discovery[IF:29.497]
① 比较正常乳腺和乳腺癌中的菌群，发现乳腺癌中存在脆弱拟杆菌；② 乳腺和肠内定植的产肠毒素脆弱拟杆菌（ETBF）可快速分泌脆弱拟杆菌毒素（BFT），诱导乳腺增生；③ BFT诱导正常乳腺上皮细胞和乳腺癌细胞发生形态和功能变化，提高干细胞特征促进多灶性乳腺肿瘤发生；④ 短期BFT暴露能诱导乳腺癌细胞长期的“BFT记忆”，由β-catenin和Notch1介导；⑤ 相比于非毒性脆弱拟杆菌，ETBF在肠道或乳腺导管的定植能促进植入乳腺癌细胞的生长和转移。
A pro-carcinogenic colon microbe promotes breast tumorigenesis and metastatic progression and concomitantly activates Notch and βcatenin axes
01-06, doi: 10.1158/2159-8290.CD-20-0537
【主编评语】乳腺中存在不同的微生物群，但它们在乳腺癌中的生物学功能还有待研究。Cancer Discovery近期发表的文章，发现脆弱拟杆菌可定位于乳腺组织，肠道或乳腺导管定位的产肠毒素脆弱拟杆菌诱导乳腺上皮增生，增加乳腺癌生长和转移。此外，短期的脆弱拟杆菌暴露可诱发长期的“BFT记忆“，且 由β-catenin和Notch1信号介导。（@爱的抉择）
Nature Microbiology[IF:15.54]
① 多组学方法分析非小细胞肺癌患者样本及同源肿瘤小鼠模型中与免疫疗法功效相关的肠道菌株及相应机制；② 两歧双歧杆菌（Bb）在治疗响应者中丰度高，Akk菌、布劳特氏菌在不响应者中丰度高；③ Bb增强与PD-1抑制剂的联合抗癌疗效，或与其肽葡聚糖成分有关；④ Bb扩大脾脏、肿瘤中效应T细胞种群，降低调节性T细胞数量；⑤ Bb增强IFN-γ信号并减少TNF-α、IL-10生产；⑥ Bb调节色氨酸降解酶，产生降血脂效应。
Bifidobacterium bifidum strains synergize with immune checkpoint inhibitors to reduce tumour burden in mice
01-11, doi: 10.1038/s41564-020-00831-6
【主编评语】Nature Microbiology发表文章整合宏基因组、基因组、转录组和代谢组学，全面分析肠道菌群与非小细胞肺癌及其相关治疗的关系。继最初Science发文力证肠道共生菌特异菌株对抗癌免疫疗法有协同作用，双歧杆菌持续受到关注。（@solo）
Trends in Immunology[IF:13.422]
① 肠道共生菌通过其代谢物、细胞壁成分或活细菌的移位，调节全身免疫反应；② 稳态条件下，肠道细菌可移位于非粘膜部位，多种肠外组织中存在复杂的菌群；③ 肠道菌可移位并定殖于肠外肿瘤，可形成肿瘤类型特异的菌群，具有诊断预后价值，并影响肿瘤的发生发展，调节抗肿瘤免疫（如通过抗原模拟机制）和影响癌症治疗效果；④ 系统性红斑狼疮和1型糖尿病等自身免疫病，可能和肠道细菌过度生长、细菌移位以及对共生菌的免疫交叉反应等有关。
Systemic Immunoregulatory Consequences of Gut Commensal Translocation
01-06, doi: 10.1016/j.it.2020.12.005
【主编评语】近年研究表明，肠道菌群移位在许多肠外疾病中可能具有重要作用。Trends in Immunology近期发表的综述文章，对相关研究进展进行了总结，重点聚焦在肠道菌群移位在癌症和自身免疫病中的免疫调节作用和机制，推荐专业人士仔细学习。（@mildbreeze）
Gut Microbes[IF:7.74]
① 纳入自闭症（ASD）和健康儿童各26名进行全外显子测序，分析ASD相关单核苷酸变异（SNV）与肠道菌群的相互作用；② ASD相关SNV主要富集于先天免疫应答、蛋白质糖基化过程和类视黄醇代谢相关的基因中；③ ASD相关SNV与肠道菌群的组成和功能（尤其是代谢）相关；④ 参与神经递质代谢网络的一些代谢物的丰度，与特定的SNV和微生物之间存在因果关系；⑤ 宿主遗传与肠道微生物之间的互作，可能在ASD的免疫和代谢稳态中起重要作用。
Gene variations in autism spectrum disorder are associated with alteration of gut microbiota, metabolites and cytokines
01-08, doi: 10.1080/19490976.2020.1854967
【主编评语】自闭症谱系障碍（ASD）与肠道菌群和遗传因素都有关联。Gut Microbes近期发表了来自南京医科大学刘星吟团队的研究，重点分析了ASD相关的遗传变异与肠道菌群组成和功能之间的关系，为研究遗传与菌群的互作在ASD疾病机制中的作用带来新启示。（@mildbreeze）
Alzheimer's and Dementia[IF:17.127]
① 纳入5001名芝加哥健康和老龄化项目（CHAP）参与者（63%非裔美国人，36%男性，74±6.0岁），进行食物频率问卷调查和2项以上的认知评估，平均随访6.3年；② 分层分析表明，只有在西式饮食评分较低的情况下，较高的地中海饮食对认知功能下降才有显著改善作用；③ 在较少摄入西式饮食人群中，地中海饮食得分最高的人相当于在认知年龄上年轻了5.8岁；④ 这项前瞻性研究发现，摄入较多西式饮食成分削弱了地中海饮食对认知的好处。
Unhealthy foods may attenuate the beneficial relation of a Mediterranean diet to cognitive decline
01-07, doi: 10.1002/alz.12277
【主编评语】地中海饮食与许多但不是所有纵向研究中认知下降较慢有关。但人们通常吃多种食物，包括健康成分和其他在西式饮食中常见的高糖和脂肪的食物。近期发表于Alzheimer's and Dementia的一项研究，旨在确定频繁食用属于西式饮食的食物（如红肉和内脏、黄油、油炸食物和甜食）是否可能减弱地中海饮食（富含水果、蔬菜、豆类、坚果、橄榄油和鱼类等健康食物）对认知下降的有益影响。（@mildbreeze）
Movement Disorders[IF:8.679]
① 对167名帕金森病（PD）患者和119名正常对照进行地中海型延迟神经退行性干预饮食（MIND）和另两种地中海饮食的依从性评分；② 女性对MIND饮食依从性比男性高，且得分不受疾病状况影响；③ 女性患者间PD迟发与MIND饮食的依从性最密切相关，差异高达17.4年；④ 希腊地中海饮食依从性与PD迟发相关，但在男性中影响更一致且较MIND、原版地中海饮食更显著，差异高达8.4年；⑤ PD发病年龄与饮食习惯相关，营养策略或可作为延迟PD发病的工具。
MIND and Mediterranean Diets Associated with Later Onset of Parkinson's Disease
01-06, doi: 10.1002/mds.28464
【主编评语】MIND饮食的全称为Mediterranean-DASH Intervention for Neurode generative Delay，意为延迟神经退行性的地中海-DASH（抗高血压饮食）干预。其设计旨在保持脑部健康和预防神经退行性疾病。Movement Disorders发表的一项横断面研究揭示健康、科学的饮食习惯包括对MIND饮食依从的确与帕金森病迟发相关。因此除了对中老年人推荐，也应对年轻人进行大力推广。（@solo）
Neurology[IF:8.77]
① 纳入瑞典43,865成年人，中位随访17.6年，期间发生465例帕金森病，研究膳食抗氧化剂和总非酶抗氧化能力（NEAC，膳食抗氧化潜能的标志物）与帕金森病风险的关系；② 膳食维生素E和维生素C与帕金森病患病风险呈显著的负相关关系，两种抗氧化剂摄入量最高的1/3人群与摄入最低的1/3人群相比，前者的患病风险均降低32%；③ 但膳食β-胡萝卜素或NEAC与帕金森病风险无显著关联。
Dietary antioxidants and the risk of Parkinson Disease - The Swedish National March Cohort
01-06, doi: 10.1212/WNL.0000000000011373
【主编评语】Neurology近期发表一项大型前瞻性队列研究，表明饮食来源的抗氧化剂——维生素C和E，与帕金森病风险呈负相关性，但二者间是否存在因果关系仍需进一步研究检验。（@mildbreeze）
Nature Protocols[IF:10.419]
① 该实验方案使用有限稀释度从新鲜的根部样品中分离高通量细菌，以确保大多数培养的细菌仅起源于一种微生物；② 然后使用双端标准扩增子高通量测序对菌株进行鉴定，解析纯净的和异质的细菌培养物；③ 为便于数据处理，开发了一个简单易用的生物信息分析流程“Culturome” 和一个图形用户界面网络服务器；④ 该方法允许任何研究组(2-3个实验室成员，无需生物信息学专业知识)在8-9周内系统地培养植物根系相关细菌。
High-throughput cultivation and identification of bacteria from the plant root microbiota
01-13, doi: 10.1038/s41596-020-00444-7
【主编评语】原位分离培养微生物对于揭示微生物在植物生长和健康中的功能非常重要。分离培养的微生物和无菌体系相结合，将揭示根系微生物与植物生长表型之间的因果关系和互作机制，是推动根系微生物组从描述向功能研究发展的重要技术。2021年1月13日，国际权威学术期刊Nature Protocols发表了中国科学院遗传与发育生物学研究所白洋团队和德国马克斯·普朗克植物育种研究所Ruben Garrido-Oter和Paul Schulze-Lefert合作详细介绍高通量分离培养和鉴定植物根系细菌的实验流程与分析方法。（@刘永鑫-中科院-宏基因组）
Nature Plants[IF:13.256]
① 不同亲本来源的水稻种子在抗病性方面表现出不同的表型；② 抗病表型与独特的本地种子内生细菌的普遍存在有关；③ 鞘氨醇单胞菌株(Sm)是具有抗病性的内生菌，是健康植物种子菌群的传代维持的核心成员；④ 抗病性与鞘氨醇单胞菌衍生的小分子有关，由Sm赋予的幼苗抗病性主要是由于邻氨基苯甲酸对B. plantarii 的直接影响；⑤ 天然存在的种子内生菌可作为宿主植物先天免疫的协同成分。
Bacterial seed endophyte shapes disease resistance in rice
01-04, doi: 10.1038/s41477-020-00826-5
【主编评语】Nature Plants以封面论文形式刊登了浙江大学农业与生物技术学院王蒙岑研究组题为“Bacterial seed endophyte shapes disease resistance in rice”的研究成果。该研究发现了种子内生菌在“病害三角”中发挥“延伸免疫系统”的角色，表明定向改造内生菌群能为植物抗击病原菌前线加筑“二道防线”。该研究深入分析了宿主植物与其种子内生菌在响应病原菌胁迫中的共进化规律，揭示种子作为植物亲本的“进化遗产”为抗病性资源挖掘和抗病性丧失治理带来了新契机；这对于研发基于微生物组的植物病害精准防控技术具有重要意义。（@刘永鑫-中科院-宏基因组）
感谢本期日报的创作者：爱的抉择，solo，fang fang，Unbroken，广西妇幼营养陈彬林，吴芹，mildbreeze，刘永鑫-中科院-宏基因组
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