在正常的月经周期内，子宫内周而复始地接受不同荷尔蒙的刺激。在子宫无受孕的时候，这些荷尔蒙促成子宫内膜剥落，经由阴道排出，即所谓的月经。然而，对子宫内膜异位的妇女而言，不仅子宫内的内膜组织受到荷尔蒙的作用，还包括子宫外的内膜组织，也对这些循环出现 的荷尔蒙有反应。
异位的子宫内膜组织最常见于卵巢内（或外）、输卵管、膀胱、肠子、骨盆底、腹膜、子宫肌内。根据一项史丹福大学的研究，子宫内膜异位最常发生的部位是深骨盘腹膜腔或盲管。骨盆以外的子宫内膜异位是罕见的。
子宫内膜异位产生许多症状，包括子宫、下半部背、骨盆腔各器官等处在月经来之前及期间有剧痛；月经周期间有间歇的疼痛；性交时疼痛；经血过多，含有大血块及内膜组织；呕吐；月经期间便秘；不孕。由于经血过量，使患者常出现缺铁性贫血症。
当子宫内膜组织未完全被排除，它会产生粘附作用，附着于骨盆腔内各器官，使它们彼此结合在一起。如此造成典型的剧烈腹痛。在卵巢上常出现子宫内膜囊肿。这些囊肿通常含有一些被氧化的血液，其外形似巧克力糖浆，这种病症在医学上被称为巧克力囊肿。
