起诉期限与诉讼时效不同。在法定期限内提起诉讼为行政诉讼的一种法定起诉条件，诉讼时效则为民事诉讼的一种实体判决条件。在修改后的《中华人民共和国行政诉讼法》明确将行政协议争议列举规定于行政诉讼受案范围之后，在行政协议争议领域区分适用起诉期限和诉讼时效变得非常必要，原因是一体适用起诉期限制度不符合行政协议兼具的公法性与私法性的双重属性。对于行政机关基于高权行政，单方行使权力作出的变更、解除行政协议等行为，适用起诉期限制度；对于不涉及行政机关单方行使权力的不依法履行、未按照约定履行行政协议的行为，则适用诉讼时效制度。当无证据证明行政机关行使权力就行政协议作出单方行为时，法院适用起诉期限制度构成适用法律错误，依法应予纠正。