课题中,最常见的研究对象就是基因,而筛选那些有“研究价值”的基因就是首要目标,即哪些基因是影响患者预后的。因为确定了基因,就可以顺藤摸瓜确定参与的信号通路,所以这一步至关重要!
比如你们实验室是研究乳腺癌的,那如何筛选所有和乳腺癌预后有关的基因呢?
不可能一个个去做实验吧
第一步:进入官网首页www.aclbi.com,直接选择“批量分析”工具。
第二步,样本库从左侧选择33种的TCGA数据库的肿瘤类型中获取样本,然后就可以点击Plot啦。
如上图,结果以森林图的形式展示,p值小于0.05就是对预后有意义了,HR小于1就是保护因素,大于1,那就说明是危害因素,所有有统计学意义的结果都会展示出来,一目了然!结果可以下载高清图,也可以下载对应的原始数据,底部就是所有的方法学的写作方法和结果的写法,参考文献,太贴心了
当然,你可以对某些样本进行亚组筛选,比如选择三阴性乳腺癌,比如抽烟的肺癌样本,EGFR突变的样本等等。
根据以上结果,从中挑选出一些某个肿瘤预后相关基因之后,就可以借鉴单基因分析套路将它丰富起来,如从表达层面,表观层面,蛋白层面,突变层面,免疫层面等多角度多数据联合分析哦
也可以确定某个基因,尝试批量相关性分析,找到有哪些基因可能跟这个基因较为相似,进而另外一篇单基因的课题就出炉啦
确定了基因,相当于抓住了课题的主线,就可以敲减这个基因,差异基因,挖掘差异通路,基因,信号通路,表型这三个课题三要素就有了,心里不慌了吧?
你可能会问,差异基因是不是要花钱测序呀?
不用!还是用这个神器,直接使用“差异基因分析”功能就行了!
样本筛选表里,输入目标基因,就可以筛选出样本高表达和低表达的样本啦(这里提供了2种方法,高低50%和高低25%,都可以试试哦)然后就可以直接使用差异基因功能分析啦
收工!
没花1分钱,热图,火山图,信号通路富集图,生存预后图,都拿到了,基因确定,信号通路确定,课题总该有底了吧
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