前段时间Cell发表的25000人的大队列，相信给大家做科研带来了很大的冲击和启发。今天小编通过对生信人平台文章进行梳理，从组学、研究对象两个角度一起探究肿瘤转移如何生信路线。
An Externally Validated Nomogram for Predicting Lymph Node Metastasis of Presumed Stage I and II Endometrial Cancer在临床治疗中，阴性淋巴结子宫内膜癌患者的治疗方式仍然存在许多争议。研究者们虽然已经建立出几个用于预测早期子宫内膜癌淋巴扩散状态的模型，然而他们大多缺少完整的外部验证过程。因此，本篇文章的目的就是基于诺莫图建立预测I/II期子宫内膜癌淋巴结转移状态的模型，并在独立的外部数据集合中进行验证。The Functional Impact of Alternative Splicing on the Survival Prognosis of Triple-Negative Breast Cancer这种是最为常见的方式，也是比较好上手的项目。在研究转移的时候，只需要把OS修改为MFS就可以。可以针对热点进行展开研究，包括铜死亡、铁死亡、自噬，EMT等等，本案例关注的是三阴乳腺癌可变剪切因子。大家对于肿瘤转移思路感兴趣的也欢迎添加小编沟通（18501230653（微信同号））Genomic signatures reveal DNA damage response deficiency in colorectal cancer brain metastases在CRC患者中经常发生远处转移，CRC的脑转移（BM）是罕见且致命的，发生BM患者的预后较差，诊断时中位生存时间为3-6个月且无有效治疗。DNA methylation-based prediction of response to immune checkpoint inhibition in metastatic melanoma近年来靶向免疫检查点治疗转移性黑色素瘤取得了很大成功。然而，预测长期治疗反应的生物标志物还是十分缺乏。作者使用DNA甲基化数据的无参考反卷积方法开发了基于CpG位点的机器学习分类器，可以将患者分为不同的预后分类簇。DNA甲基化数据使用无参考分析（MeDeCom）和基于参考的反卷积方法（MethyICIBERSORT）进行处理。Biomarker Analyses of Response to Cyclin-Dependent Kinase 4/6 Inhibition and Endocrine Therapy in Women with Treatment-Naïve Metastatic Breast Cancer 细胞周期蛋白依赖性激酶4/6（CDK4 / 6）抑制剂palbociclib与抗雌激素具有协同作用，可抑制激素受体阳性/人表皮生长因子受体2阴性（HR / HER2-）人类乳腺癌模型的生长。为了确定对palbociclib加letrozole的敏感性和抗性标记，对PALOMA-2的基线肿瘤组织进行了生物标记分析，调查了与无进展生存期（PFS）的相关性。研究显示了CDK4 / 6信号转导在HR / HER2-乳腺癌中的重要性，并表明类固醇激素和肽生长因子信号转导之间的相互作用可能导致对CDK4 / 6信号转导的依赖性。Single cell characterization of the immune microenvironment of melanoma brain and leptomeningeal metastases在本文中对黑色素瘤CNS转移的两种不同表现：黑色素瘤脑转移(MBM)和软脑膜转移(LMM)的免疫微环境进行单细胞测序，发现在不同类型的患者中对治疗应答存在差异。案例一、使用差异表达mRNA和非编码RNA特征预测癌症的淋巴结转移Prediction of Lymph-Node Metastasis in Cancers Using Differentially Expressed mRNA and Non-coding RNA Signatures案例二：MetaCancer：使用多组学数据基于深度学习构建泛癌种转移的预后模型MetaCancer: A deep learning-based pan-cancer metastasis prediction model developed using multi-omics dataTumor-associated exosomes promote lung cancer metastasis through multiple mechanisms在肿瘤细胞与其微环境之间的信息传递和肿瘤转移过程中，外泌体起着重要的作用。肿瘤转移是患者治疗效果差、生存期缩短的重要影响因素。已有的许多研究表明，肿瘤来源的外泌体可以通过多种方式促进肺癌的发展。比如通过促进肿瘤细胞的上皮间质转化、诱导血管生成、建立肿瘤转移前微环境以及免疫逃逸等。本文主要是系统地回顾了肿瘤来源的外泌体在肺癌转移中的研究进展。热点二、转移的三个主要轴：EMT、癌症干细胞及自噬EMT, cancer stem cells and autophagy; The three main axes of metastasis癌转移是指细胞从原发肿瘤迁移到身体的不同部位并形成新的肿瘤，这是癌症相关死亡的主要原因，了解肿瘤转移的分子机制能够帮助选择合适的治疗靶点进行肿瘤治疗，因此癌症转移相关的研究至关重要。今天小编要和大家分享一篇今年一月发表在Biomedicine & Pharmacotherapy（IF:6.521）杂志上关于癌症转移的综述，介绍了转移的三个主要轴，分别是上皮间质转化（EMT）、癌症类干细胞（CSCs）和自噬。这篇综述的目的是探讨和阐明这三个过程中有效信号通路之间的关系，研究转移的小伙伴不要错过呀。案例一、转移性结直肠癌landscape（IF26 ）Integrated Omics of Metastatic Colorectal Cancer文章发表在Cancer Cell杂志（IF：26.602）上的一篇文章，本工作整合了来自146例中国结直肠癌患者的480个临床组织的基因组学、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学数据，并使用蛋白质组学数据识别出具有不同的临床预后和分子特征的三种亚型。激酶网络分析显示，原发结直肠肿瘤与其转移之间存在显著的异质性，异种移植的药物测试显示来自同一个体的原发肿瘤和转移瘤对同一药物可能表现出不同的反应。Spatiotemporal Immune Landscape of Colorectal Cancer Liver Metastasis at Single-Cell Level2022年1月份发表在Cancer Discovery（IF=39.39）上的一篇关于结直肠癌肝转移的时空组学文章。肝转移是结直肠癌死亡的主要原因，表现出高度异质性和抑制性的免疫微环境。本文通过使用单细胞RNA测序和空间转录组学测定了97个配对样本。值得注意的是，转移性微环境对免疫抑制细胞（如MRC1 CCL18 M2样巨噬细胞）进行了显著的空间重编程。作者进一步开发了单细胞代谢组学，一种用于量化单细胞代谢的计算方法，并观察到这些巨噬细胞具有很强的代谢活性。有趣的是，新辅助化疗可以阻断这种状态并恢复有反应患者的抗肿瘤免疫平衡，而无反应患者则恶化为更具抑制性的患者。本文描述了转移的免疫进化，并揭示了肿瘤如何对新辅助化疗作出反应的黑匣子。十、Cell|超大队列探究癌症转移的基因组特征（IF40 ）
Genomic characterization of metastatic patterns from prospective clinical sequencing of 25,000 patients。本研究共纳入25775例患者，其中原发性肿瘤15632例（61%），转移性肿瘤10143例（39%），分布于50种不同的肿瘤类型。为了确保样本相互独立，每个患者选择一个独特的代表性样本，用于分析具有多个可用测序样本的患者。从 EHR 中检索到来自 21,546 名转移患者的总共 99,419 起转移事件，并映射到 21 个器官部位。最常见的靶器官部位是肺、肝和骨。作者利用这些数据绘制了50种肿瘤向21个转移器官位点的转移模式扩散图。由于时间仓促，部分内容并没有深入求证，望谅解。文章只为抛砖引玉，但如能帮助大家一二，实则荣幸之至。
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