张元素在他所撰的《珍珠囊》、《脏腑标体药式》以及《医学启源》等书中，对药物气味的补泻、阴阳升降、归经、引经等方面做了精辟的阐发。在药性、毒理的研究上有卓越的成就。李时珍誉为“《灵》、《素》之下一人而已”，并不是偶然的。
总结下来可以从四个方面来谈：
张氏言补泻，是在《内经》五脏'苦欲喜恶”的理论指导下，验之临床并提出用药原则。
《医学启源·五脏补泻法》载：
“肝苦急，急食甘以缓之，甘草；心苦缓，急食酸以收之，五味子；脾苦湿，急食苦以燥之，白术；肺苦气上逆，急食苦以泻之，黄芩；肾苦燥，急食辛以润之，黄柏、知母。”
又载：
“肝欲散，急食辛以散之，川芎，以辛补之，细辛；以酸泻之，白芍药。
心欲软，急食咸以软之，芒硝；以咸补之，泽泻，以甘缓之，黄芪、甘草、人参。
脾欲缓之，急食甘以缓之，甘草；以甘补之，人参；以苦泻之，黄连。
肺欲收，急食酸以收之，白芍药；以酸补之，五味子，以辛泻之，桑白皮。
肾欲坚，急食苦以坚之，知母；以苦补之，黄柏，以咸泻之，泽泻。”
张氏根据《内经》的用药原则，在临床上作出示范，对后世有所启发。
张氏在《内经》药性理论指导下，对阴阳升降浮沉又做了进一步的发挥。他说：“凡同气之物，必有诸味；同味之物，必有诸气；互相气味，各有厚薄，性用不等，制方者必须明其用矣。”说明制方必明其药性。盖气为阳，味为阴，阳主升，阴主降，张氏对此独有体会。他又说：“茯苓，淡，为天之阳，阳也。阳当上升，何谓利水而泻下？然云：气之薄者阳中之阴，所以茯苓利水而泄下，亦不离乎阳之体，故入于太阳也。麻黄，苦，为地之阴，阴也。阴当下行，何以发汗而升上？亦不离乎阴之体，故入手太阴也。”又说：“附子，气之厚者，乃阳中之阳，故经云发热；大黄，味之厚者，乃阴中之阴，故经云泄下。竹叶，淡，为阳中之阴，所以利小便；茶，苦，为阴中之阳，所以清头目也。”正因为张氏对这方面很有研究，所以他在《珍珠囊》一书中，叙述药物功用时，就首先介绍每味药的气味厚薄和阴阳升降等属性。
张氏临证用药，非常注重归经。他认为，能深刻了解药性，使之各归其经，则力专用宏，疗效更著；如不明归经，便无的放矢，难获确效。同是泻火药，但临床运用不同，如黄连泻心火，黄芩泻肺火，白芍泻肝火，知母泻肾火，木通泻小肠火，石膏泻胃火。柴胡泻三焦火，须用黄芩佐之，柴胡泻肝火，须用黄连佐之等等。在《珍珠囊》中，几乎每一味药都作了归经的说明。
此外，张氏还提出了引经报使之说，以便更好地发挥方剂的效用。如太阳小肠膀胱经，在上则用羌活，在下则用黄柏；阳明胃与大肠经，在上则用升麻、白芷，在下则用石膏；少阳胆与三焦经，在上则用柴胡，在下则用青皮；太阴脾与肺经，用白芍药；少阴心与肾经，用知母；厥阴肝与心包络经，在上则用青皮，在下用柴胡。总之，归经是遣用每味药的专司，引经是引导药力达到病所。药性有专司，制方有专主，则临证疗效，必将有更大的提高。
张氏临证主要从脏腑的寒、热、虚、实入手。因此，在治疗上必以温、凉、补、泻为指归。他的《脏腑标本药式》对五脏六腑用药做了全面的阐述，对后世很有启发。下面举肺脏一例说明之：
其余脏腑类此，这个《用药式》不但执简驭繁地掌握药物效能，也给医生临诊处方用药提供了方便，颇受后世学者欢迎。伟大的药学家李时珍，就将其文全部收录到他所著的《本草纲目》中。
张氏对药物分类，亦根有创见，他把药物按气味厚薄，阴阳升降，四时五行等综合分为风升生、热浮长、湿化成、燥降收、寒沉藏五类。每类附入若干药物，独具一格，对后世亦有启发。
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