我叫林平之，最近又是被标书折磨的时候，但苦于鲁老板没钱给我们做芯片，所以只能靠我们自行挖掘数据……自行挖掘数据……行挖掘数据……挖掘数据……掘数据……数据……据……
我年纪轻轻，不能就这么断送在这种随便找分子扯关系的道路上啊，好歹要有个芯片啥的喂！但现实就是这么残酷，没有芯片，但要找可能相关的基因。这次的题目更刁钻，不是研究肿瘤……我去，不研究肿瘤，那连Oncomine啥的都用不上，那咋办？师兄，能救救我不？
神师兄：写基金，最关键的是什么？如何选题！一般土豪的实验室都一定得选最好的芯片测序，都用进口的！用就用高端的深度测序，数据直接云端，测序不行最少也得4000×，什么lncRNA芯片、ChIP啊、转录组啊，能给他测的全给他测上。就是一个字：贵！
但是没做过这些的，就只能靠挖！挖出来别人芯片上的数据，那就会变成你的选题，不是肿瘤的也不要紧。不是还有GEO么？这就带领你挖一个分子出来。随便给你举个例子哈，比如我要挖一个老年痴呆的可能有作用的分子，应该怎么操作？
首先，登陆到GEO的DataSets,输入“Alzheimer”找芯片。
我们就随便举个例子，用这个老年痴呆症尸检的芯片来做分析。点击进去，就是GEO网页分析的界面了。
既然我们要比较找差异基因，那就到下面的数据分析工具里去找，有一个叫“Compare 2 sets of sample”的选项，点击之后，选择'Value means difference',这里有一个问题了，就是选“Value”还是“Rank”。“Value”是具体数值，“Rank”应该是一个秩，也就是类似给“Value”评了个分。
接着我们选取比较的分组，肯定是对应的有病和没病的，但是要选取一下表达的取样组织位置。
海马体，颞皮层还是额皮质。海马体应该来说还是蛮关键的，那我们就选择有老年痴呆的和无老年痴呆的尸体的海马体样本吧。
然后确认比对。
只找到几个基因对吧，还有一些根本没啥名字，那我们就选一个ARRDC4，这个从边上的表达图可以看出来，是表达差异比较明显的。那这个基因有啥研究没有呢？我们要用另外一个牛逼的数据库来看看。这个数据库一般人我也不告诉他，叫做Ｐ××××××（此处打码）。
搜一下这个数据库里的数据，发现，研究ARRDC4这个基因的就9篇文章。然后可以在这个数据库里搜索到与之相关的基因，疾病，药物通路等等内容。
先看看和什么疾病相关，主要是一些杂七杂八的基本，比如什么“空泡性肌病”啥的，但也有可能有和脑相关的疾病，比如“缄默症”，好吧，不管是啥，相关的通路涉及比较多的就是赖氨酸降解通路。
接着做了一下基因间的相互关联性分析。
好了，看上去就真的有戏了不是么？接下去做什么？做实验啊！你光是挖掘到了这样的数据，不稍微验证一下，难道就真的当真了么？要有相关的实验验证才能往下继续的哦！否则连一点前期工作都没有呢……都没有呢……没有呢……有呢……呢……
…华丽丽的分割线…
李莫愁博士：GEO上有好多闲置芯片可以挖掘挖掘，大家有时间也可以自己去试试看。反正闲着也是闲着，今天木有事，先去刨刨地儿！挖来了再分析基因可能的功能什么的，就简单了。至于神师兄说的那个数据库，其实不用也行，用GoPubmed配合蛋白互作软件也一样能做初级的基因功能分析哒。不过关键的关键，还是要有预实验验证来作为支撑啊！不能随便找个基因，都不做验证，这样写出来，即使中了也完不成呢！！！好啦，今天就策到这里吧。回复“P神器”就能知道是啥了……
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