摘要：本文是一篇关于microRNA-144-3p与非小细胞肺癌发生发展关系的文献解析。
搞科研是一件耗时耗财的事情，因此对我这种手术忙如狗，取暖全靠抖的没时间没金钱的医学生来说，想要发篇文章难于登天。但是万事不绝对，今天笔者就给大家分享一篇不花钱耗时少就能完成的3+生信文章。
这篇文章于2019年3月4日发表在RespiratoryResearch杂志上，影响因子为3.751，通讯单位是广西医科大学第二附属医院。
研究背景：肺癌作为一种发病率和死亡率均高居第二的癌症类型，已经严重影响到人类的生命健康。目前针对肺癌的治疗方式主要是手术结合化疗，这种方式不仅具有较强副作用，而且还容易复发。因此，深入探究肺癌发生的分子机制，寻找肺癌新的治疗靶点将为肺癌治疗提供新的思路和策略。
先前有文章报道指出，microRNA-144-3p影响多种肿瘤的发生发展，但是其在肺癌中的作用目前还不是十分清楚。本文就这个问题进行探究，从临床数据中揭示microRNA-144-3p可以作为非小细胞肺癌的生物标志物。
研究思路：为了探究microRNA-144-3p与非小细胞肺癌发生发展的关系，作者从GEO数据库中获取19个基因芯片数据，其中GSE27486,GSE40738,GSE64951,GSE93300和GSE114711五个数据集来源于血液样本，其他14个数据集来源于组织样本。
随后作者对获取的这些GEO数据集进行分析，发现与正常组织相比，在肺癌组织中 GSE25508、GSE48414、GSE51853、GSE56036、GSE63805、GSE72526、GSE74190和GSE102286这八个数据集的microRNA-144-3p明显下调。
接下来作者对获取的5个血液样本数据集进行分析，作者发现在GSE27486和GSE40738数据集中，microRNA-144-3p的表达同样显著下降。
为了进一步确定这个结果，作者又从TCGA数据库中获得了非小细胞肺癌两个主要亚型肺鳞状细胞癌（LUSC）和肺腺癌（LUAD）的样本，为 LUSC 376例、LUAD488例。通过对样本就行分析，作者发现无论是在LUSC，LUAD还是在整个非小细胞肺癌中，microRNA-144-3p均明显减少。
与此同时，作者也对这行样本进行了生存分析统计。
接下来，作者探究microRNA-144-3p的靶基因。通过miRWALK2.0数据库，作者发现该miRNA共含有1635个靶基因。此外，作者还通过GEPIA数据库获取了1109个在LUAD中表达上调的基因和1922个在LUSC中表达上调的基因。通过交叉比对，作者发现有34个共同的基因。通过Metascape网站对这些基因进行KEGG和GO分析，获取其涉及到的主要信号通路。
此外，作者还对这些基因进行PPI蛋白互作分析，发现有四个基因——CEP55、E2F8、STIL和TOP2A是microRNA-144-3p参与肺癌发生可能性最大的靶基因。
为了验证这个猜想，作者使用GEPIA网站分析这四种基因在LUAD和LUSC两种肺癌中的表达情况。结果发现这些基因在肺癌中的表达量均明显上升，这就表明在肺癌发生过程中，microRNA-144-3p表达下调，随后其靶基因上调来影响肺癌的发生发展。
总结这篇文章可以看到，本文的思路比较清晰简洁，主要分为两部分。一部分是通过GEO数据库和TCGA数据库确定在肺癌发生过程中总microRNA-144-3p的表达情况和临床价值；另外一部分是机制探究，基于TCGA数据获取microRNA-144-3p的靶基因，随后对这些靶基因进行GO分析，KEGG分析和PPI分析，确定其分子机制。
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