關於候鳥遷徙的原因一直還是個科學之謎，至今沒有令人滿意的答案。通常都是從生態、生理、歷史等方面予以考慮：
1. 生態因素主要是指因為季節的更替所引起的食物量變化。在北方，夏季植物茂密，昆蟲繁盛，為鳥類提供了豐富的食物，有利於繁殖活動；而到了冬季，這裡食物匱乏，氣候惡劣，鳥類不得不離開寒冷的北方，到南方氣候較溫暖，食物豐富的地方過冬。這種行為最終被自然選擇的力量所固定下來，成為鳥類的一種本能。
2. 生理因素是指因光照變化等外部條件的改變所引起鳥類機體激素調節的變化，而這些變化又會影響遷徙活動。如南方春季溫度提升，會促進鳥類性腺的發育，而性腺的進一步發育成熟，又會促進鳥類飛行到比較涼爽的地區去繁衍後代。
3. 其他未知因素也有學者認為鳥類的遷徙原因與歷史上冰川時期的作用、大陸漂移等古地質因素有關。諸如：鳥類起源於南方，由於大陸板塊自南向北漂移而被帶到了北方，由於它們試圖返回南方老家，便形成了鳥類的遷徙習性；鳥類起源於高緯度地區，由於第四紀冰川自北向南的侵入，迫使鳥類遷徙南方，等夏季冰川退卻，鳥類便定期地往復繁殖地和越冬地之間，從而形成了遷徙。
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