VSEARCH vs USEARCH 还有这种操作？？

标题：VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics

出版时间：Published October 18, 2016

论文链接：

https://peerj.com/articles/2584/?utm_source=TrendMD&utm_campaign=PeerJ_TrendMD_0&utm_medium=TrendMD

之前我们首发文章解读了发表在Nature上的一篇文章，Nature: 地球微生物组计划首发成果。其中在数据处理部分，利用比较新的降噪方法Deblur得到OTU。但是Deblur去掉测序错误后，仍然存在嵌合体（Chimera）等扩增错误。接下来利用VSEARCH软件de novo去除chimera。看到这不禁对VSEARCH产生了兴趣，这是什么高大上的软件，以前怎么从来没听说过。但是搜索以后不禁一口老血吐出来，Abstract清楚的写着：It is designed as an alternative to the widely used USEARCH tool (Edgar 2010) forwhich the source code is not publicly available, algorithm details areonly rudimentarily described, and only a memory-confined 32-bit version isfreely available for academic use.

Edgar,R.C. 是生物信息界的大神级人物，之前宏基因组公众号有对他的介绍。粘过来一句话感受一下：Edgar,R.C. 之前是研究理论物理的，发表过5篇相关文章。后来转行到计算生物学，开发了一系列优秀的生物信息学软件和算法，如多序列比对MUSCLE(引用23507次)、序列比对和聚类USEARHCH (5556)、嵌合体识别UCHIME(3779)算法、OTU聚类UPARSE(1691)算法等。仅此四篇文章引用近3.5万次，有谁不服。

USEARCH只有32位是免费的，64位版收费，这也是Edgar, R.C.作为独立研究员的主要收入。而现在另一帮大佬们不想花钱买USEARCH，并且觉得USEARCH代码不开源、算法描述的不清楚，就自己开发了功能几乎完全一样的VSEARCH。

本文主要介绍了VSEARCH的主要功能，并使用VSEARCH version 2.0.3与USEARCH version 7.0.1090 和 8.1.1861进行了性能对比。两者的比较有兴趣的可以查看原文。但是现在VSEARCH已经出到了2.6.0版本，USEARCH也已经升级到了10.0.240版本。两者的性能应该都有了不小的提升，究竟孰优孰劣，还需要用了才知道。

简单粗暴放文章结论：

1. VSEARCH在搜索、聚类、嵌合体检测和重抽等过程准确性优于USEARCH。

2. 合并双端读长的准确性上两者能力相当。

3. VSEARCH在去重复与合并双端读长步骤速度快于USEARCH，但是在聚类和嵌合体检测上慢于USEARCH。

VSEARCH下载地址：

https://github.com/torognes/VSEARCH/releases

参考文献：
Rognes T, Flouri T, Nichols B, et al. VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics[J]. PeerJ, 2016, 4: e2584.