在16S分析结果中物种柱状图占有十分重要的地位,不仅可以直观的看到各个样本物种的组成及比例,还可以看到样本间物种的变化情况,是一类十分实用的图表。
单样本饼图是一类可以反应单个样本中物种分布及比例的图表,可以直观反映样本物种组成,也是一类简单、实用的图表。
今天跟踪小编一起来学习一下物种柱状图和单样本饼图的绘制。所用的工具为最常见的excel表格,这样大家学习起来会更加简单、便捷。
一. 物种柱状图绘制步骤
1.数据来源
在高通量测序完成后会有一个结果(summary文件)文件,以其中6_taxonomy_community/2_Phylum/1_abundance_stats/all/Phylum_count.xls为例,即是门水平所有样本及物种的丰度信息;其他数据表格雷同处理即可:
2.数据处理:相对丰度计算及删选
(1)各物种在各个样本中的相对丰度计算:
第一步:求和,如下图红色方框所示。
第二步:计算相对丰度,每个物种在各个样本中的表达量 / 该物种序列总和。如下图箭头所示:
若是其他水平(科属种)时,物种种类可能很多,此时若是将所有物种均在图上展示结果会不太美观,一般来说选取丰度前20的物种进行绘图展示比较合适,联川生物提供的测序结果已经是按照丰度从高到低进行排序了,筛选时可以直接选取前20行,将其余物种的各个样本中丰度进行相加,合并为others大类即可。
3.作图
选中作图数据区域,选择excel中的“插入”功能,选择插入“柱状图”,即可得到一个柱状图:
4.图形调整及保存
得到图形后,可以点击图片空白处、图片中柱形图以及坐标轴等位置,将会在表格右侧出现如下所示的调整窗口,可以根据自己的需求对坐标轴格式,坐标轴文字大小及倾斜度,表格标题文字大小及颜色,图表柱形图颜色及宽度等进行修改及、调整:
最后调整完成后,鼠标右击选择保存为图片即可。
二. 单样本饼图绘制步骤
操作步骤与上面柱状图类似,使用上述筛选过的数据,选择如下图红框中数据,点击“插入”功能,选择插入“饼图”,即可得到一个单样本饼图,其他样本以此类推。
修改及保存步骤与上面柱状图类似,根据需求改完成后保存即可。
今天的分析技能讲解就到这里了~
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