新年迎财神的正确方式

初五迎财神，晦气去去去，事业顺顺顺，运道旺旺旺，新年发发发！

最骚不过中西合璧呀！

要说生物医学界的财神，个人以为TCGA数据库算一个，毕竟给广大人民群众带来了无数的数据和文章！今天就给大家扒拉扒拉TCGA数据库的正确打开方式。TCGA，The cancer genome altas，https://cancergenome.nih.gov/

TCGA的里蕴藏着大量的数据，但是如何获取这些数据，成为了第一道门槛。之前给大家介绍过生信人开发的简易TCGA数据下载的小工具这么好用的TCGA数据下载工具？！，工具还是相当给力的，但是如若要进一步筛选想要的样本，又或者说有些肿瘤的数据下不下来（比如AML的），那还是得用到TCGA自带的下载工具。

我们首先在TCGA网站里勾选好想要下载什么样的样本，以及数据类型（比如是RNA-seq的count数据，或者是临床信息）

选好之后下载Manifest

然后打开GDC Apps下载TCGA官方的下载工具

解压之后就这么一个文件，我们把刚才下载的Manifest也保存在这个文件夹里

打开命令提示符cmd

然后在DOS界面里进入到刚才那个文件夹，我是放在D盘里的，所以先输入D：进入D盘，如果放到E盘里就输入E：

如果是放到C盘里，就输入CD..，退回到C盘的最初目录

接下来复制这个文件夹的地址（在地址栏右键鼠标）

粘贴过来之后

改成下图这样，cd\表示进入该目录

然后输入以下命令：

gdc-client download -m gdc_manifest.2018-02-20.txt

即可开始下载

其中gdc_manifest.2018-02-20是那个manifest的名字，但是切记要加上文件后缀——.txt。

下载好的文件就在当前文件夹里了

觉得这个方法太复杂了？好吧，教你个傻瓜的。。

UCSC Xena (https://xenabrowser.net/heatmap/)

先选数据集

输入感兴趣的基因列表

我比较憨，我对自己芯片结果里所有的差异基因都感兴趣，所以我就把整个差异基因的Gene list搬运到了这里。右边这个表可以和左边的一毛一样，也可以随便填一下。

数据量大了，自然就会很卡，毕竟1000X1000的矩阵。。。所以最好还是悠着点，不要像我这样划船不靠桨全靠浪。

右上角可以下载数据结果，也可以下载热图的PDF，和基因表达数据的矩阵文件

在弹出无数次的以下页面后，我终于把自己浪死了！

所以还是不要用力太猛，悠着点，我们减少点基因数量重新来过。。。

下载的PDF结果

TSV文件刚包含了基因表达信息和对应的样本信息矩阵，走过TCGA分析流程的童鞋就会知道，能一下子得到这下面这张表格是多么方便的一件事情！节省了多少工作量！

好了！今天两个TCGA的工具——TCGA自带下载工具GDC Apps和UCSC Xena就介绍到这里了！祝大家文章基金全都有，金银财宝滚滚来！

关注后获取《科研修炼手册》1、2、3、4、5、6，基金篇精华合集