在上周五发表了《enrichplot: 让你们对clusterProfiler系列包无法自拔》文章之后,很多人就去尝试了,然后我后台消息就有很多人问“没有出口”的问题。
>library('DOSE')
DOSE v3.5.1 For help: https://guangchuangyu.github.io/DOSEIf you use DOSE in published research, please cite:
Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Guang-Rong Yan, Qing-Yu He. DOSE: an R/Bioconductor package for Disease Ontology Semantic and Enrichment analysis. Bioinformatics 2015, 31(4):608-609>library('clusterProfiler')
错误: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’:
'namespace:DOSE'没有出口‘dotplot’这个对象
>library('ReactomePA')
错误: package or namespace load failed for ‘ReactomePA’:
'namespace:DOSE'没有出口‘netplot’这个对象
有这样的问题,其实我挺奇怪的。
第一,你升级了DOSE
(你自己安装了github版本,或者安装github版本的enrichplot
顺带把DOSE
给升了),在升级之后clusterProfiler
加载有问题,这问题难道不是很明显吗?升级完之后不兼容,难道你不觉得应该试一下把clusterProfiler
也升级为github版本吗?
第二,你都试了加载DOSE
没问题了,那就不要说DOSE
有问题(有很多人后台跟我说DOSE
升级了就出错了,一点错都没有),问题明显是clusterProfiler
加载时出现的,那么就是clusterProfiler
的问题,而这个问题的产生,源自于你升级了DOSE
,于是回到第一
。
第三,错误说DOSE
没有出口dotplot
,且不说这中文翻译怪别扭,显然你安装了enrichplot
,看了我的文章,那么你应该知道,clusterProfiler
现在用了enrichplot
中的dotplot
,而原先在DOSE
中的dotplot
已经搬到enrichplot
里了,显然你装的clusterProfiler
没有相应更新,还去DOSE
包中找dotplot
,而DOSE
已经被你升级了,于是找不到了,难道你不觉得应该回到第一
更新一下吗?
--> 我觉得大家做科研,这点逻辑还是应该有的!
其实你可以简单地安装github版本的clusterProfiler
devtools::install_github('GuangchuangYu/clusterProfiler')
那么它会更新DOSE
,且自动安装enrichplot
,啥事都没有。
要么就等五月初Bioconductor发布新版本,那么到时候你安装的发行版就是用enrichplot
来可视化的。
PS:后台经常有毫无逻辑的问题,且重复被很多人问,问问题前最好是读过《how to bug author》,当然回不回答完全看心情,真心没时间精力重复回答各种不经思考的提问,如果真的是急,在线等
,请移步知识星球。
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