有了它再也不用担心R包安不上啦！

这两天无意中看到R出了3.5版本，于是就在win7下安装了一下。由于3.5刚出没多久，安装各种packages还是挺麻烦的。

前天想装bioconductor，结果那时候还没有R-3.5的支持。这个问题可以通过手动安装特定版本'BiocInstaller'包来解决。好在这个问题 bioconductor 已经及时解决了，所以这个方法也就不细说了。

 

解决了bioconductor，新的问题又出现了。这也是生信交流群（qq群号：659344871）里有人提到的，关于“data.table” 这个包。大致的错误信息见下图：

1) install.packages 报错(zip 为windows版的)

 

2) 源码安装报错(R包源码一般为 .tar.gz压缩包)

 

不信邪的我反复测试了，发现通过正常手段还真是装不上呢……

 

要知道，有一部分的R包其实需要编译才能使用的，linux下R会自动编译出 xxx.so文件，而windows下则是 xxx.dll 文件。

当然了，一般来说R包在windows下都有现成编译好的，只要网上已经有对应R版本的包，我们就可以通过 install.packages 或者 biocLite 去安装，而这个安装过程只需要从网上下载文件并解压到R的目录下就能使用了。

linux下由于系统自带gcc编译器和各种库文件，因此直接从源码编译一般是没有太多障碍的。

 

但是，当碰到网上没有提供编译好的R包时，该R包就没法便捷地安装。而更为尴尬的是，windows在默认情况下缺少编译环境，这就使得这些R包的安装变得较为困难。这时候你就有几种选择：

1. 等别人出更新或退回上一个R版本[Y1] ；

2. 转战 linux ；

3. 放弃这个R包……

别急，既然我都写了这么多，自然还有方法 4 —— Rtools。

Rtools的安装

软件下载地址（官网）： https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

要注意不同版本RTools和R之间有兼容性的限制，一般来说两边都是最新的应该没问题。

下面就以目前最新版RTools 3.5为例进行说明。文件比较大（~100MB），需要点耐心。下载完之后直接双击进行安装。对于普通用户，建议直接一路下一步吧。此外还需要修改环境变量，稍后会加以说明。

 

1) 选择安装路径，默认为 C:\Rtools；

2) 安装选项，建议保持默认；

3) 高级选项，可以把修改环境变量那个打钩，也可以稍后手动修改；

配置环境变量

安装完成之后，最好再去确认一下windows有没有配置好相应的环境变量。具体方法如下（这里使用的是win7系统，其它版本方法是类似的）：

1）右击桌面“计算机”或者“我的电脑”==> 选择“属性”，出来系统设置的窗口；

2）在系统设置里点击“高级系统设置”，然后点击“环境变量”；

3) 在环境变量里找“PATH”（没有则自行添加这个变量），并双击进行修改，追加一个 ;C:\Rtools\bin ；

4) 除了PATH，还需要自己“新建”一个'BINPREF' 变量，并且赋值 “C:/Rtools/mingw_$(WIN)/bin/”

这里尤其要注意，两边的双引号要保留，并且斜杠的方向跟PATH是相反的！

这里还要提醒一下喜欢修改软件安装目录的童鞋们，如果你安装在其他路径，一定要把C:\Rtools 或 C:/Rtools 替换成相应的目录哦。

全部修改完毕后就可以退出上面的这些窗口了。接着就是回到 R-3.5.0 ——其实到这里已经可以松一口气了，因为最麻烦的步骤基本上都做完了。

R包的安装

这里我还是要推荐一下大家，除了最常用的install.packages之外，还要多使用bioconductor来安装管理R包，真的很方便。

使用方法：

source('http://bioconductor.org/biocLite.R')

请耐心等待，初始使用会安装R包，后面使用也会有一个加载延迟，

有时候遇到网络或防火墙问题，出现这个提示。

这时候也不要着急，提示也告诉你可以选择用install.packages的方法安装，因为bioconductor管理工具其实也是一个R包，叫做 BiocInstaller。

按照提示，

install.packages('BiocInstaller',repos='http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc')

顺利安装完之后，就可以通过这样的命令来安装R包了：

source('http://bioconductor.org/biocLite.R')   # 每次新进入R都要运行的

biocLite('<需要安装的r包>')

 

接下来就重新尝试安装 data.table 吧。

biocLite('data.table')

如果RTools安装和配置都正确，可以看到这么一个对话框，果断选'确定'！

安装过程可能比较长……

印象中提问的老师其实需要使用的是“DOSE”这个包，而DOSE依赖data.table。那么就接着安装DOSE吧……

biocLite('DOSE')

一样会出现需要编译的包，继续选'确定'。

耐心等待吧~

如果一切顺利的话，应该就可以使用了，library('DOSE') 看看 :

 

安装成功！

 Tips: 

教程仅供参考，前面也已经提到了，由于兼容性问题，当R版本发生变化RTools也可能要进行升级。并且不同的R和RTools在具体配置上可能会有细微差别，这些差别是由开发者引入的我们用户无法直接干预，所以我无法保证文中的方法永久有效。

此外，千万不要简单地对文中的命令进行复制粘贴而不作任何检查和修改（尤其是版本号、安装路径什么的，如果不使用默认值，你就得自行作出相应的修改）。

另外，R的windows支持总的来说还是可以的，如果不是特别着急体验最新功能或者想学习新技能，还是用回上一个稳定版的R或等待官方发布最新R包吧。