在讨论BBNJ与渔业管理的关系前，我们先探讨一下BBNJ的第一个“B”——“生物多样性”（Biology diversity）究竟指什么。
BBNJ谈判的缘起之一是新的深海生物被发现，这些生物虽然还没有被开发，但是其遗传资源的开发前景巨大。而这些生物资源多位于国家管辖范围外，也就是我们所说的公海的水体和洋底，是全人类共同拥有的。公海海底的矿产资源作为“人类共同继承财产”的法律地位被《联合国海洋法公约》所确立，开发这些资源带来的惠益需要与全人类共享。但是这些生物遗传资源是否也应该采取类似的制度安排，需要通过新的国际谈判来决定。
所以对公海生物多样性关注一开始主要是针对指海底的生物，特别是作为海洋遗传资源载体的海底生物。随着BBNJ准备进程，海洋生态环境问题也日益突出，历经大大小小各类型数十次会议之后，各缔约国目前讨论的文本涵盖了四块内容：海洋遗传资源、包括海洋保护区在内的划区管理工具、环境影响评估和能力建设与技术转让。很显然，此时讨论的生物多样性已经超出了海底遗传资源的范畴，包含了为保护整个海洋生物多样性而设置的内容。
但是目前的会议发言中，渔业国家代表坚持BBNJ文书中的生物多样性不应该包含渔业物种（主要是鱼类物种），并提出两个理由来支持这一建议。1. 渔业是以食物而非获取遗传资源为目的的商业活动；2. 国际上已经有粮农组织（FAO）和区域渔业组织来管理发生在公海的渔业活动，不需要也不希望BBNJ涉及这一领域。所以他们建议的是包含海鸟、浮游生物、海龟、鲸类、不作为渔业物种的鱼、海洋植物、海底生物的生物多样性。如果有一天，我们对海底生物的开发是以食物为目的，而非获取遗传信息为目的时候，也不该纳入这个生物多样性范围中。
先澄清一下概念，现有的不同的国际条约中对海洋生物资源、海洋生物多样和海洋生态系统的概念都会有所提及，但是认真对比就会发现，海洋生态系统由生物部分和非生物部分组成，这个生物部分在环境条约中往往被称为生物多样性，在渔业协定中往往就是称为生物资源，本质上是同一回事。谈海洋生物多样性的时候把作为主要的生物资源的鱼类排斥在外真的好吗？
鱼类首先是海洋生物多样性的一员，然后当其生物量达到一定数量，捕捞活动经济成本划算，才成为我们所说的渔业物种。而作为渔业物种的鱼种范围一直在变动，很多曾经的渔业物种已经因为过度捕捞变成濒危物种，大的鱼种捕不到后，我们开始捕捞还来不及长大的鱼或是小型的鱼种，甚至我们曾经看不上的称为垃圾鱼“trash fish”的人类无法食用的小型鱼也被捕捞上来，做成鱼粉供给养殖业，饲料鱼渔业已经成为全球最重要的渔业之一。所以，如果单纯从资源的角度考虑，公海里所有的鱼都是、曾是或者潜在是渔业物种。
海洋是一个整体，大洋环流将各处的水体相互联系，生活在海水中的生物通过食物链互相依赖，而鱼类是海洋生态系统中不可或缺的重要生物。海洋生物地理信息系统（OBIS）的数据显示，公海有超过23,000个不同物种，其中鱼类有4,052种。抛开鱼来谈公海生物多样性的保护是不可想象的。联合国可持续发展目标14（SDG14），养护和可持续利用海洋和海洋资源目标的标志就是水体和水下的鱼。
也许有人要说BBNJ不讨论鱼不是割裂生态完整性，只是把鱼交给更专业的渔业管理机构去管理。FAO数据显示2015年全球海洋渔业33.1%的资源被过度捕捞，解决这一问题要么渔业机构自身做出改进，要么有新的机构可以介入其中。我们可以看到渔业机构自身所做的努力，2008年之后渔业资源下降的速度有所减缓，但这些距离解决过度捕捞问题还远远不够。此外，渔业机构也无法管理渔业以外可能造成影响的活动。BBNJ的介入或许是一个很好的契机和催化剂，可以协调包括渔业机构在内的现有管理机构并开展合作。
由于渔业组织和机构对于生态系统的关注主要是基于参与捕鱼的国家对可持续捕捞的兴趣，而并不会主动顾及国际社会对于海洋生态系统的整体关切。这些行业机构自发改进自身的动力和能力都是有限的，所以需要一个代表人类共同利益的机构，比方说BBNJ的缔约方会议来敦促其在其授权内承担起自己的责任。要实现BBNJ和现有的渔业框架良性互动，在BBNJ协定中的渔业组织成员国将要发挥关键的作用，他们是把BBNJ缔约方会议的决定落实在渔业机构的管理措施中的渠道。公海生物多样性涉及的管理机构可以多样，但是BBNJ新文书必须为公海生物多样性养护奠定国际合作和协调机制，否则人类将再次错过可以共同改善海洋保护现状的机会。
可以期待新的BBNJ文书在如下两个方面对区域渔业组织发挥作用，第一，淘汰已证明结果不尽如人意的单纯追求“最大可持续捕捞量”的捕鱼管理，推动基于生态系统的渔业管理方式，不仅关注作为渔业捕捞对象的鱼，还要关注以这些鱼为食的生物和周围的海洋环境，生物多样性的考量被纳入到渔业组织的战略制定、实际管理和执行。第二，推动基于预警原则的环境影响评价和划区管理工具，让资源调查和生态研究走在开发之前，给海洋生态系统喘息和恢复的机会，为子孙后代留下健康的、能提供多种生态系统服务的大洋。
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