随着足迹化石在古生物地理、恐龙行为、以及恐龙运动方面的越来越多的应用，一些科学家开始利用足迹进行地层对比的尝试，并出现了名词palichnostratigraphy——古足迹地层学，也许这也是今后发展的一个新型分支科学。
什么是地层对比呢？
我在野外都有这样的经验，就是我们看见的岩石绝大多数都不是连续的，许多地方被第四纪的泥沙或者植被等所覆盖，使我们不能连续追踪一套地层，在相隔上百千米，上千千米的两地的地层就更是如此，我们并不知道这些地层是否同时形成的。但是很多时候我们在研究两地的地层的时候必须要知道所研究地层之间的关系。这就要对比岩层中的生物化石。如果化石一样，就说明这两个地方的地层是同时或者相近时间形成的。特别是有些生物物种在地质历史时期存在的时间特别短，但是分布却很广泛。这种化石往往被用来进行地层对比。这类化石常被成为标准化石。在野外工作中，把不同地区的地层单位，根据岩性、古生物化石等特征作地层层位上的比较研究，进而证明这些地层单位是否在沉积时间上相当，或相近。这项工作就是地层对比。
标准化石往往是实体化石，很少有人利用足迹化石进行对比，因为，足迹反映的生物学特征毕竟不如实体化石全面、详细。但是很多地方只有足迹化石而没有实体化石。科学家不得不利用足迹化石进行地层对比的尝试。
实际上足迹的形态是能够反映恐龙足部特征的，随着恐龙的演化，毕竟会在恐龙的脚部有所反映。中生代期间恐龙在全世界分布，在相同或者相似的环境中应该有相同或者相似的恐龙类群。目前，在全世界发现的恐龙足迹地点越来越多。这就给进行足迹化石地层对比提供了必要的条件。
考虑到足迹化石的特点，科学家在利用足迹进行地层对比方面就不能像骨骼化石对比那样详细到种间的对比，而是利用恐龙足迹的组合和沉积相来对比地层，在相同的沉积环境中，相同或者相近的足迹组合应该代表相同的地质年代。1994年，北京自然博物馆科技工作者报道了在四川峨嵋地区发现的一批个体比较小的恐龙足迹，包括川主小龙足迹，韩国鸟足迹，峨眉跷脚龙足迹，四川快盗龙足迹等。2004年，在韩国Namhae省的早白垩世地层中也发现了川主小龙足迹，同样也伴随着韩国鸟足迹，另外还有快盗龙和跷脚龙足迹，奇组合面貌和峨眉地区的恐龙足迹组合相同。2005年在山东莒南县早白垩世大盛群田家楼组也发现了相同的恐龙足迹组合。经过对比，这三个产地的足迹化石组合十分相似。因此，这三个产地的地层层位相同，其年代属于早白垩世晚期。这是利用恐龙足迹化石进行地层对比的一个成功案例。
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