我们知道，纳税人的主管税务机关一般是基层区局。但对于某些大型企业或重点行业来说，管理权限归于省市局的直属分局。税务直属分局的地位，目前是比较尴尬的。首先，国家税务总局层面目前没有了直属分局，而不少省市局却保留着。其次，在征管法和相关规范性文件中，直属分局很难有明确的归属。
《税收征管法》第十四条规定：本法所称税务机关是指各级税务局、税务分局、税务所和按照国务院规定设立的并向社会公告的税务机构。那么，这里的“税务分局”到底包不包括“直属分局”呢？
根据《国家税务总局关于印发<国家税务总局关于加速税收征管信息化建设推进征管改革的试点工作方案>的通知》（国税发〔2001〕137号）规定，对于大型企业（含大型涉外企业）、跨国公司，可以上收到地级局或者省级局内设的征收机构和管理机构集中征收和管理，但是按照财政预算级次和纳税人性质设立的直属分局必须撤消。
根据上述文件精神，这类直属分局是不应该存在的。不过，鉴于各地现状，如果一律撤销，可能涉及人员安置等各方面因素，于是总局2003年下发的《国家税务总局关于印发<国家税务总局关于进一步规范国家税务局系统机构设置的意见>的通知》（国税发〔2003〕128号）在表述上缓和了很多。
国税发〔2003〕128号文件规定：国家税务局系统税务机关指各级国家税务局、税务分局、税务所和稽查局。国家税务局为全职能局。税务分局为非全职能局，仅负责面向纳税人的管理和服务。省、副省级市、市、县国家税务局可设置稽查局，为该国家税务局的直属机构。省、市国家税务局一般不再设置直属分局。已经设置一时不能撤销的，可暂保留，名称一律称为“××省（市）国家税务局直属分局”。县城区、农村税务分局、税务所为县国家税务局派出机构。
在这里，直属分局虽然得以暂时保留，但对于其权限并没有明确。在实践中，有的干部参照行政级别来看待这个问题：区局是正处（科）级，我们也是正处（科）级，凭啥他们可以做，我们却做不得？还有的干部参照稽查局来分析：稽查局和直属分局都是有限职能的直属机构，凭啥稽查局可以做，我们却做不得？据了解，有的地方机构设置更难厘清：直属分局还下设了稽查局。
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