长期以来，承包人垫资施工的现象非常普遍，据有关部门统计，九成以上的施工企业都被要求垫资，以往的司法实践倾向于认定含有垫资内容的施工合同条款无效，主要依据是：
（1）垫资行为违反了1996年原国家计委、建设部和财政部联合发布的《关于严格禁止在工程建设中带资承包的通知》的有关规定；（2）垫资行为在性质上属于非金融机构企业之间的借贷行为，违反了1996年中国人民银行发布的《贷款通则》及最高人民法院有关司法解释的规定。
在上述背景下，《解释》第6条关于工程垫资的规定应运而生，最高人民法院认定工程垫资条款的有效性，主要基于以下方面的考量：
第一，承包人为承揽工程、提升市场竞争力，进行垫资施工是一个很普遍的现象，如果不承认垫资条款有效，不利于保护承包人的合法权益，进而可能会导致实际施工的广大农民工的合法权益无法得到充分保障，激化社会矛盾；
第二，我国加入WTO后，建筑市场全面开放，建筑市场的主体可能是本国的企业，也可能是外国的企业，而国际建筑市场是允许工程垫资的，如果我国认定垫资一律无效，则违反了国际惯例，将与国际建筑市场的发展潮流背道而驰，且在诸多国外立法中通常明文规定保护垫资本金和垫资利息，如《德国民法典》就对此作出明确规定；
第三，根据我国《合同法》第52条规定，必须是违反法律、行政法规的效力性强制性规定，才能认定合同无效，而《关于严格禁止在工程建设中带资承包的通知》、《贷款通则》及最高人民法院有关司法解释均不属于法律、行政法规，不能成为人民法院认定合同条款无效的法律依据；
第四，从建设工程施工合同本身性质而言，合同中通常约定按照工程建设的形象进度付款，而工程形象进度并不是一个准确的时间点，履行合同中必然存在施工与付款的时间差，其本质就是垫资，故建设工程施工合同中的垫资是合同性质决定的，事实上无法避免；
第五，司法实践否定垫资条款的有效性，导致在实务中出现了大量变相垫资的情况，如承包人与发包人签订虚假的房屋买卖合同、合作建房合同、委托贷款合同等，在诉讼中，由于存在两个不同性质的合同关系，当事人出于自身利益各执一词，给法院审理带来了很多不必要的麻烦，司法裁判较为混乱。
根据条文理解，《解释》第6条第1款将工程垫资合法化，对垫资利息在法定范围内予以保护；《解释》第6条第2款明确要求垫资须在合同中明确约定，未作约定的，按照工程欠款处理，而发包人拖欠工程欠款的，可按照《解释》第17条的规定主张逾期付款利息；《解释》第6条第3款区别对待工程垫资款和工程欠款逾期支付的利息请求，垫资利息在建设工程施工合同未作约定的，法院不予支持，而对于工程欠款，无论是否约定有利息，承办人的利息请求原则上应予以支持，只是有约定，依约定；无约定，则按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。在司法实践中，就工程垫资问题，主要存在以下常见的争议焦点：
（一）如何区分工程垫资款和工程欠款？
工程欠款是指在建设工程中，发包人不按合同或结算报告支付工程款，导致拖欠承包人工程款，而承包人又拖欠分包人工程款等一系列债务。
区分工程垫资款和工程欠款，首先要判断建设工程施工合同是否明确约定垫资条款，即施工合同明确约定垫资条款是认定工程垫资的第一步。
如云南省高级人民法院于2018年7月作出的（2018）云民终540号民事判决书认定：“（上诉人）黄国盛、翁其众投入的941万元……为施工准备阶段的相关设施建设以及施工保证金，该部分941万元是施工期间发生的费用，性质应当认定为广义的工程费用。工程期间垫资施工的，垫资施工的费用性质也为广义的工程费用，《最高人民法院关于审理建设工程合同纠纷案件适用法律问题的解释》第六条第一款对于垫资款做特别规定的目的是为了对施工人垫资施工的行为做限制和否定评价，并根据实际情况对于垫资款利息给予适当支持。但该解释第六条第二款即认定款项为垫资款应当是在双方对于款项性质做出明确约定的情况下，现根据在案的单据标明的款项性质，双方并未将该941万元约定为工程垫资款，在相关施工协议中也没有垫资施工的约定，一审判决仅因该部分款项发生在实际施工之前就认定为工程垫资款与查明事实不符。”
其次，施工合同虽然约定为垫资条款，但并不一定构成工程垫资的事实，尚需结合实际施工情况判断是工程垫资款还是工程欠款。
如云南省高级人民法院于2018年2月作出的（2017）云民终850号民事判决书认定：“双方2015年3月5日签订的协议书中虽载明云南建投集团为涉案工程项目而垫资的款项为97215054.49元，但从工程施工及结算来看，签订该协议时，涉案工程早已完工并投入使用，双方结算也于2014年完成，97215054.49元系由工程结算造价扣减永发公司已支付款项后得出的工程尾款，故该笔款项虽写为‘垫资款’，但实为工程欠款。”
（二）如何区分工程垫资款和借款？
工程垫资要求承包人利用自有资金先进场施工，待工程施工到一定阶段或竣工验收合格后，再由发包人支付工程垫资款，如果仅仅是约定该款项及孳息的交付、偿还时间、方式及数额等，则该款项的性质并不是工程垫资款，而是借款。
如湖北省高级人民法院于2018年10月作出的（2018）鄂民终824号民事判决书认定：“关于《府上住宅小区工程总承包合同》及相关补充协议中约定的4000万元款项的性质应当如何认定的问题……本案中，虽然升阳公司与轻工公司签订的《府上住宅小区工程总承包合同》中将4000万元约定为“垫资款”，但双方并未约定轻工公司利用自有资金先进场组织施工企业进行施工，待工程施工到一定阶段或全部完成后，再由升阳公司支付垫付工程款；而是约定轻工公司事先将4000万元款项交付给升阳公司使用，升阳公司每年向其支付利息和管理费。并且，根据审理查明的事实，轻工公司虽参与了一定的工程管理，但其并未履行工程总承包人应尽的对涉案工程设计、采购、施工监理等方面的管理职责，而是将涉案工程分包、工程价格与采购价格的最终审定权交由发包人升阳公司。轻工公司与升阳公司之间的多次往来函件，仅就4000万元款项和孳息的归还时间、方式及数额进行协商，对于建设工程施工事宜双方在函件中并未提及。故从《府上住宅小区工程总承包合同》及相关补充协议的约定和实际履行情况来看，双方以“垫资”为名，行资金拆借之实，4000万元不属于工程垫资款，而是借款。”
（三）工程垫资款是否全部到位并用于实际工程的事实认定问题
工程垫资款是否全部到位并用于实际工程的事实，需由承包人举证证明，该事实不受工程垫资款在实际施工中如何管理、使用的影响。
如江西省高级人民法院于2019年6月作出的（2019）赣民终316号民事判决书认定：“垫资款1,800万元是否已经全部到位并用于案涉工程。宁波建工公司认为其自2012年11月22日起先后为案涉工程足额垫资1,800万元，并提供了拨付指令及放款凭证作为证据。盛宏永公司认为上述款项有部分被宁波建工公司的案涉工程项目部挪作他用、未全部到位用于案涉工程，并提供了说明、支付指令、照片等证据。法院认为，根据宁波建工公司提供的拨付令、放款凭证，宁波建工公司已经拨付了1,800万元垫资款；盛宏永公司在拨付上述垫资款的案涉工程项目《专项垫资资金拨付指令》上均盖章同意，可以认定宁波建工公司拨付的垫资款是拨付到了案涉工程项目之中，至于盛宏永公司与宁波建工公司上海分公司在施工过程中是如何管理、使用该款，不影响此事实的认定。盛宏永公司与上海分公司之间如因该款的管理、使用发生争议，可另行协商或诉讼。”
（四）建设工程施工合同无效是否影响垫资条款的效力？
在司法实践中，认定建设工程施工合同无效的情形，最常见的是《解释》规定的5种情形，即：（1）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；（2）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；（3）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的；（4）非法转包的建设工程施工合同；（5）违法分包的建设工程施工合同。
根据《解释》第2条“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持”之规定，虽然施工合同无效，但是垫资及利息的条款可以作为工程结算依据，因此施工合同无效不影响垫资条款的实际效力。
如最高人民法院于2014年11月作出的（2014）民一终字第108号民事判决书认定：“本院认为，在案涉两份《建设工程施工合同》均无效的情况下，确认当事人之间有关工程款给付的标准时，应当以《解释》第二条“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程款的，应予支持”的规定为据。本案中，虽然03合同被确认无效，但双方当事人均同意按照该合同结算，并在诉前签署了总决算书，确定了工程价款……本院认为，一审法院已经查明，在2005年5月29日《有关新城国际科技大厦工程复工协商纪要》中，双方当事人确认东阳公司多垫资700万元，康福公司以《建设工程施工合同》无效后，相关的补充合同亦应无效为由，否认其曾经确认过东阳公司多垫资700万元的事实的主张，不符合诚信原则，本院不予支持。”
（五）能否以工程存在质量问题抗辩拒绝支付工程垫资款？
如前所述，工程垫资要求承包人利用自有资金先进场施工，待工程施工到一定阶段或全部完成后，再由发包人支付工程垫资款，因此工程垫资款支付的前提是根据合同约定工程施工达到一定阶段或全部完成，承包人保证完成的工程质量合格是其当然责任，如果发包人能举证证明已施工工程存在质量问题的，可以据此抗辩拒绝支付垫资款，否则发包人应当按照合同约定支付垫资款。
如云南省高级人民法院于2018年12月作出的（2018）云民终1086号民事判决书认定“本院认为，首先，涉案工程建设系被上诉人垫资施工，被上诉人针对已完工部分提交了分项验收证书，因被上诉人所主张的款项并非全部工程的结算价款，而是按合同约定主张工程垫资款和进度款，在施工行为未全部履行完毕，双方尚未最终结算，且上诉人未能证明已施工工程存在质量问题的情况下，被上诉人应按照合同约定支付工程垫资款和进度款。一审法院对上诉人针对工程造价和工程质量提交的鉴定申请不予准许，并无不当。”
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