肾钙乳症的病因和发病机制尚不清楚，但多认为积水型肾钙乳症的形成与炎症、梗阻有关。囊肿型肾钙乳症位于肾盏憩室或肾实质囊肿内，由于囊内液体长期存留、浓缩后形成钙乳。积水型肾钙乳症的形成也具有同样的机理，炎症和梗阻使肾单位分泌、重吸收发生障碍，肾盏内长期潴留的尿液逐渐浓缩，使含钙、磷盐晶体物质呈饱和状态，沉淀下来形成钙乳，并逐渐浓缩形成钙乳颗粒。