日军的失败与中国的顽强抗战以及美、苏有关，但也跟他的指挥系统有着莫大的关系。日军始终都没能制定出一个正确的战略方案指导作战。这一点在整个二站中都有所体现。
一、逐次增兵，欲战又止，迟疑不决。
作为一个拥有现代化建设的国家，日军的装备精良，战斗力强悍。士兵在武士道精神的影响下骁勇善战，不惧伤亡。纵观整场中日之战，日军都是以寡敌众，并且在多数情况下以大捷告终。然而这仅仅是表面上的风光，未能集中优势兵力一举歼灭国军是其战略上的失策。这与日军兵力不足及逐次增兵有很大关系。
日本在侵华期间，多次迟疑不决。九一八，关东军演导了柳条湖事变之后，日军侵占东北三省，在其极度犹豫之下，又于淞沪、热河及长城等地干了几仗，就此停滞不前，让中国得到“喘息”之机。蒋介石借机于西南秘密发展军工，购建大量德械装备，创建德械部队。并持续维持了“黄金十年”的经济增涨。为八年抗战储备了一定的经济资源及战略物资。
显然，日本持疑不决的态度为其最终失败的因素之一。日军在侵占东北三省之后，本有两条路可以走，一、挥师南下，乘中国备战不足及动乱的时候一举攻略中国。二、就此停战，休养生息，固守东北，待到时机成熟，策应德国夹击苏联，功成之后，再联合对抗美国……
二、华北战事兵力薄弱，随意更改“主战场”。
日军原本的作战计划是以华北为主、华东为辅的主要作战地区，击溃平津地区的中国军队后，沿津浦、平汉线向南推进，攻略宁、汉，将中国拦腰截断。根据中国的地形及政治局面，此计划无疑是正确的选择。然而在实施过程中，日军仅在华北配署了四个师团的力量，并未集中优势兵力。从而令迅速攻下华北，并以雷击之势抢占宁、汉的策略破产。
若非如此，中国在武汉的重工业及军工将为日军所获，诸多物资也来不及撤往西南。更为不利的是在此闪电策略之下，国军将得不到喘息、休整的时间，一溃千里。这与多处设防、节节抵抗后的战略转进有着天壤之别。
日军在华北部署如此薄弱的兵力，一方面是因为日军过于轻视国军的战斗力。另一方面是因为日军临时更改了主战场，兵力重心从华北向上海转移。
与缺泛远见的日本军事家相较，国府军事家的战略方案显然是异常出彩的。
在陈诚的提议下，蒋介石指令扩大沪事，大量增兵入沪。日方大本营见华北久战不下，遂也将眼光转向上海。其认为攻占上海的政治意义远大于军事意义，可一举摧毁中国军民的抗战意志。
日军大本营在此“政略”思维的指导下，乖觉地配合国军于淞沪应战，导致主攻路线偏移。由一马平川的“北向南”改为山路崎岖、江河纵横的“东向西”线路。严重束缚了日军机械化部队的发挥，同时为其行军增添了一定的困难，也为国军阻击其前进提供了许多有利的地形。
至此，日军三月灭华的梦想彻底破灭。
三、 军、政不和，下克上之风气严重，大本营指令扑朔迷离。
日本军政不和，主战及主和两派争斗不休，矛盾重重。下克上之风气严重，日军军官好勇斗狠，普遍缺泛全局观念。张鼓峰事件即是如此。其军官屡屡抗命，私自出击。致使大本营手忙脚乱，诸多方案都于争论及妥协中临时产生。在此状况下，很难制订出一个统筹全局的战略方案。
徐州会战，在取得台儿庄大捷的胜利之后，日军大量增兵徐州。国军为避免决战，兵分五路从日军的包围间隙中突围，日军紧咬不放，衔尾跟进。而国军部署在豫东的桂永清等部阻击不力，丢了兰州及开封等地。6月10日，日军向郑州逼进，郑州告急。一旦让日军攻下郑州，不仅平汉铁路被切断，徐州突围的主力及豫东战场撤退到郑州的20多万部队都难以摆脱追击，从容完成防御武汉的部署，武汉朝不保夕。
然而早在5月29日之时，大本营就已决定停止追击行动，并下达命令：“未经批准，不许越过兰封、归德、永城、蒙城、正阳关、六安一线进行作战。” 但华北方面军根本不理会大本营的命令，私自调军追击，国府面临危机。 大本营在此关健的时刻，却下令停止追击令人迷惑不解。
观日本国内，其内阁于5月下旬局部改组，近卫首相任用陆军前辈——宇垣一成出任外相，企图借助他来抑制陆军”。而在蒋介石的掌控下，中、日两国的谈判正在进行。日本急欲抽身中国战场，与德国夹击苏联。大本营下令停止追击国军，是否与此有关？如与此有关，又怎么解释6月11日，那支由雨中偷袭登陆的波田支队？如与此无关，大本营又是基于什么样的目的下达如此的命令？其间的曲直是否为主战及主和两派争斗的结果？
谈判最终以夭折告终，除日本对于停战和谈的要价太高之外，仍处于进攻状态的日军令蒋介石看不到对方的一点诚意，断然拒绝和谈。日军再一次失去跋足中国“泥泽”的机会。
太平洋战争爆发之后，日本大本营很长一段时间之内都处于茫然无措的状况。
抗战中、后期，国军的会战能力逐渐成熟。日军接连发起的浙赣会战及鄂西会战均无功而返,损失惨重。此后相当一段时间之内，日本大本营迟迟不愿发动决定性的大规模会战，宁可呈僵持局面，维持现状。此方面的情况，可透露出日军大本营茫然无措的状况，不知何去何往。
1943年夏末，日军大本营电令中国派遣军进行会战准备，消耗国军有生战力，以策应南方派遣军作战，牵制中国军队向滇缅方面转用兵力。而战后日本大本营总参谋长杉山回忆这一个作战指令，却声称当时整个中国派遣军总司令部对于这个会战的战略意图都无从理解,不知战场远隔千里,如何策应?
四、 该出手时作壁上之观，不该出手时南进袭美。
中国军队在战斗力上虽有所欠缺，然而在扭转整个二战的胜负中，却起着相当关健的作用。
1941年6月22日，德国携雷庭之势，以其著名的闪电战术深入苏联领土。从战略上看，此时正是日军北上夹击苏联的最佳时机。然而日军顾虑到中国派遣军身陷中国，跋足不出。再加上诺门坎受挫的教训及惧怕苏军轰炸日本本土，因此决定放弃夹击苏联的计划。对苏、德之战采取壁上之观的态度，眼睁睁地看着盟友溃败，从而陷入孤军作战的绝地。
事实上，在美国对日本实施禁运之后，日本唯一的出路是和谈。放弃所有侵占中国的领土，恢复到九一八战前的状况。然而日军大本营及其属下各级军官的思维只能用“歇斯底里”来解释，这个不能用正常思维去理解的军事集团放弃了最后的和谈机会，主动挑起太平洋战争，自取灭亡之道。
<完>
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