儒曰：存心养性。道曰：修心炼性。释曰：明心见性。心性者，本体也。 儒之执中者，执此本体之中也。道之守中者，守此本体之中也。释之空中者，本体之中本洞然而空也。 道之得一者，得此本体之一也。释之归一者，归此本体之一也。儒之一贯者，以此本体之一而贯之也。
这里的“本体”，即有“本来真实”之意，也有“最高纲领”之意。
《性命圭旨》实际上略去了儒释道三教在心性论上的差别，面直就心性理论在成就理想人格中所担负的使命，就心性之学在三教义理中的基础地位这一根本点着眼。实际上，儒家的心性论侧重道德性、价值性，以此为人的伦理行为的根据。道家的心性论侧重生理属性，以此为炼养身体的理论基础。佛家的心性论侧重心理属性，以此为解脱束缚，达到心灵自由的理论基础。所以存心养性和修心炼性、明心见性之间的分际是决定性的，非名词之争。（引自《明代哲学史》第672页）
《性命圭旨》从“真人”修炼的立场，阐明了三教的性命观，也继承了元明以来道教性命双修的传统。首先，它论证了性命的定义及性与命二者的关系，“性命说”有：
夫学之大，莫大于性命。性命之说，不明于世之久矣。 何谓之性？元始真如，一灵炯炯是也。何谓之命？先天至精，一炁氤氲是也。然有性，便有命；有命，便有性。性命原不可分。但以其在天，则谓之命；在人，则谓之性。性命实非有两。况性无命不立，命无性不存，而性命之理，又浑然合一者哉。
性命本不相离，道释原无二致。神气虽有二用，性命则当双修。
“性命说”情真理切，阐述性命双修，就是修身修心不偏废，性与命、神与气兼修，即精神修养和肉体炼养，方能成就“真人”之道。它们的关系是：性必然表现为心，而心的活动反过来造成对性的役使；命必然表现为身体的活动，而身体的活动反过来累害命。命受身体累害，所以不能长生；性受心的役使，所以不能静定。身心如此，所以不能达到“尽性至命”的理想状态。“性命说”还借用理学天命之性和气质之性的说法来阐释它的修养方法：
性有气质之性，有天赋之性；命有分定之命，有形气之命。君子修天赋之性，克气质之性；修形气之命，付分定之命。分言之，则二；合言之，则一。其中有理。
修天赋之性，就是《中庸》所谓“率性之谓道”；“克气质之性”就是张载所谓“变化气质”。修形气之命，付分定之命，就是尽人事而听天命。“性命说”强调性命双修，最后与宇宙性命本体合一。又明“君子”，以承“真人”之道，以全“真人”之德：
是以神不离气，气不离神，吾身之神气合，而后吾身之性命见矣。性不离命，命不离性，吾身之性命合，而后吾身未始性之性、未始命之命见矣。未始性之性、未始命之命，是吾之真性命也。我之真性命，即天地之真性命，亦即虚空之真性命也。
君子是中国传统哲学中的主人翁，是对 “天地人合一”之“人”的称谓，君子就是哲学之子，“知行合一”的君子，非“真人”，而似《西游记》里的孙悟空。
4、性命理说
《性命圭旨》元集中亦有“生死说”、“邪正说”，教人性命双修，须明识生别死、去邪归正之理。其后的图理之说，皆为性命双修的概念而设；亨、利、贞三集，针对“真人”的性命双修，主要阐述了修炼行为的理论。
人身之体有三，灵质体、流质体和物质体，在中国传统哲学的之中，三体分别代表了人身三个层次和层面，它们的关系是：一心、三元、五行。一心是心灵，三元是元精、元气、元神，五行是金、木、水、火、土五种物质的属性喻意，泛指人的五脏六腑、四肢百骸。
《性命圭旨》为人身定义了统一的名词，汇集了儒、佛、道三教中别名，并对十分重要的概念赋予了动物形象。
“普照图”有灵台、规中、气海三窍，在人体正面腹部腔中，分别代表三元聚居位，内应心、脾、肾三脏，合称前三关，分别直指“心源性海”、“黄中正位”、“气海关元”三窍。
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