食物从口腔进入到胃的过程，可以分为五期：先行期、口腔准备期、口腔转运期、咽期、食管期。
先行期也叫认知期，此期的反射活动主要是腺体分泌增多的反射活动，反射的触发是视觉和嗅觉，甚至是听觉，食物的色、香、外观等，通过视觉和嗅觉传入，触发口腔中唾液腺分泌增多，甚至可引起胃液分泌的增多，是人对食物的认知过程，为后天建立的条件反射，为吞咽的下一步口腔期做准备。
口腔期的活动主要包括2个过程：食团准备的过程和食团转运的过程，此期的活动包括唇、舌、颊、下颌等器官参与的食团准备和递送过程，以及腺体分泌的反射活动，食团的准备和递送过程是由大脑皮层控制下的随意运动，三叉神经、面神经、舌下神经参与这一过程；腺体分泌增多的反射活动，则是因食物刺激引发的人体非条件反射。
进食时，食物对口腔产生机械的、化学的和温度的刺激，使口腔粘膜和舌的感受器兴奋，传入冲动经Ⅴ、Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ对脑神经传入，引起各级神经中枢反应，再通过副交感和交感神经的传出纤维抵达唾液腺，引起唾液分泌增多，调节唾液分泌的基本中枢位于延髓的上泌涎核和下泌涎核，唾液分泌的反射活动的生理意义在于使唾液和食物充分混合，产生初步消化并形成利于吞咽的食团；
另外，口腔期的这一过程，可进一步刺激促进胃液分泌的增多，传入冲动与唾液腺分泌的反射活动相同，经延髓、下丘脑、边缘叶以至大脑皮层等反射中枢的整合分析，传出冲动经迷走神经到达胃腺细胞，引起胃液分泌增多，为胃液分泌的非条件性反射，与先行期的条件反射所分泌的胃液合称为头期胃液，其特点是酸度高、量多、胃蛋白酶原的含量高，因而消化力强。
咽期是食团经过咽腔的过程，主要包括咽部肌肉的收缩挤压递送食团和喉口封闭气道保护两个过程，这两个过程均有一个反射活动完成，即吞咽反射，当食团被递送至舌根时，舌根、双侧腭弓等处的触觉感受器被激活，神经冲动经三叉神经上颌支、舌咽神经、迷走神经喉前支传入延髓的基本吞咽中枢（孤束核和疑核），传出神经是舌咽神经和迷走神经，效应器为咽、腭、喉、声带等，肌肉活动包括软腭抬举、咽弓缩紧、咽提肌收缩、声门关闭，杓会厌襞内收缩紧，会厌反转，喉口封闭，咽缩肌收缩，环咽肌开放等，食团经咽腔进入食道，至此，吞咽过程进入食管期。
但是，吞咽反射活动并没有结束，食物进入食道后，食管产生由上而下的蠕动，将食物推送入胃部，食管的蠕动也是一种神经反射性活动，其反射弧中的感受器、传入神经纤维、神经中枢和传出神经纤维与吞咽反射相同，其效应器则是食管，肌肉活动则是食管蠕动，食物进入胃部后，反射完成，所以，食管蠕动的神经反射是吞咽反射的一部分，是吞咽反射最后一个肌肉活动。
所以，完整的吞咽反射通路是：咽部、软腭等处的感受器→三叉神经上颌支、舌咽神经和迷走神经喉前支→延髓孤束核→疑核→舌咽神经、迷走神经→软腭肌、咽肌（咽提肌、咽缩肌）、喉肌（喉内肌、杓会厌肌）、食管平滑肌等；这个过程中，还有舌骨上肌群的协同作用，其支配神经包括三叉神经下颌支、颈从肌支。
吞咽障碍的检查中，经常会提到一个概念，即吞咽反射延迟，这就涉及到吞咽反射启动时机的问题，除了我们已知的舌根、咽弓等处的感受器外，经研究表明，将液体通过滴管直接滴到会厌谷或梨状窝，均可诱发吞咽反射的启动，说明会厌谷、梨状窝等处的粘膜都存在吞咽启动的感受器，生理情况下，食团在舌根，到达会厌谷前，吞咽反射即启动，从气道保护角度考虑，食物在进入梨状窝前启动吞咽反射均视为正常。
反之，食物进入梨状窝后启动吞咽反射，即为吞咽反射延迟，其风险在于梨状窝溢出性渗透或误咽，吞咽反射延迟越重，渗透或误咽的风险就越高。
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