唐朝末年，为了巩固统治，唐武宗于会昌五年，下令清查天下寺院及僧侣人数。
在这一次废佛运动中，超过26万多名的僧尼被迫还俗，4600多所寺院遭到毁坏，全国多地出现“僧房破落，佛像露坐”的场景，远在成都的寺庙同样没有逃过厄运。
据成都市考古队工作人员易立描述，在“会昌法难”中，万佛寺（净众寺）佛像也遭到毁坏，直到唐宣宗年间才再次复兴。据《宋高僧传》所记，高丽国僧人释无相，“属明皇难入蜀，迎相入内殿……由是遂劝檀越造净众、大慈、菩提、宁国等寺。”这里的净众寺，也就是当时的万佛寺。
净众寺与大慈寺，因为无相禅师而建立起了缘分。《高僧传》说，无相禅师在成都募化檀越，造净众寺。寺内有一巨钟重千钧。会昌例毁，此钟乃移入大慈寺。（至于大慈寺为何逃过会昌一劫？那是因为这里是玄宗御书寺额，兴建之日起就是皇家寺院）大钟复还寺，众以其钟大，隔江计功，两日始到，方欲为斋，辰去已集，乃知神力所拽也”。钟是神力所以为传说，但是这个钟，肯定是存在过的。
到了明末清初，辉煌了千年的万佛寺彻底毁于战火，从此再未出现在史料记载当中。
