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《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二条规定：居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（无论是否独立核算），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。
统一计算，分级管理，就地预缴，汇总清算，财政调库。
一、只设跨地区项目部的建筑企业
跨地区项目部预缴税款：应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴（只限于跨省、自治区、直辖市和计划单列市设立的项目部。如果是非跨省的异地施工，国家并没有规定要预缴企业所得税）。
总机构预缴税款：扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额在机构所在地预缴。
二、只设二级分支机构的建筑企业
二级分支机构分摊预缴税款：总机构在每月或每季终了之日起十日内，按照上年度各省市分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素，将统一计算的企业当期应纳税额的50％在各分支机构之间进行分摊（总机构所在省市同时设有分支机构的，同样按三个因素分摊），各分支机构根据分摊税款就地办理缴库。分摊时三个因素权重依次为0.35、0.35和0.3。
所有分支机构应分摊的预缴总额=统一计算的企业当期应纳所得税额×50％
各分支机构分摊预缴额=所有分支机构应分摊的预缴总额×该分支机构分摊比例。
该分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
注：建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部（包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段等，下同）不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额应汇总到二级分支机构统一核算。
总机构预缴税款：就地预缴税款。
总机构应预缴总额=统一计算的企业当期应纳税额×50％
三、既设直管跨地区项目部又设跨地区二级分支机构的建筑企业
总机构先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照“只设二级分支机构”方法计算总、分支机构应缴纳的税款。总机构、项目部、各分支机构在各自所在地就地预缴税款。
四、以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
（一）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（二）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
（四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
建筑企业总机构应按照有关规定办理企业所得税年度汇算清缴，各分支机构和项目部不进行汇算清缴。总机构年终汇算清缴后应纳所得税额小于已预缴的税款时，由总机构主管税务机关办理退税或抵扣以后年度的应缴企业所得税。
总机构预缴和汇算清缴时，除正常报送汇算清缴相关资料外，还应附送其所直接管理的跨地区经营项目部就地预缴税款的完税证明。
总机构应将其所有二级及以下分支机构信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。
分支机构应将其总机构、上级分支机构和下属分支机构信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括总机构、上级机构和下属分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。
一、总机构
若下属的分支机构有一家（含）以上需要就地缴纳企业所得税的，总机构在申报企业所得税报表时，申报系统会自动将其“企业类型”勾选为“跨地区经营汇总纳税企业总机构”，除填报一般报表外，还需填报《跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表》（年报适用）、《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》（年报和预缴申报表均适用）。
若所有分支机构均无需就地缴纳企业所得税，则总机构在申报时系统会自动将其“企业类型”勾选为“一般企业”，申报要求与一般企业相同，无需填写《跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表》和《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》。
建筑企业总机构在办理企业所得税预缴申报时，应附送其所直接管理的跨地区经营项目部就地预缴税款的完税证明，由主管税务机关进行预缴税款台账维护，再将分支机构已预缴的税款在主表第14行“特定业务预缴（征）所得税额”填报相关数据。
二、分支机构
自2018年二季度起，分支机构申报企业所得税报表时无需填报《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》，仅需填报主表第20行“分支机构本期分摊比例”和21行“分支机构本期分摊应补（退）所得税额”。
若所属总机构在省内（不含宁波），则这两行数据由系统根据总机构填报的分配表信息自动取数；若所属总机构在省外或宁波，则这两行数据由分支机构自行填写。
以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，若无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。其独立纳税人身份一个年度内不得变更。
证明其二级及以下分支机构身份的资料包括非法人营业执照（或登记证书）的复印件、由总机构出具的二级及以下分支机构的有效证明和支持有效证明的相关材料（包括总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度等）。
1、关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号）
2、关于印发《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法》的通知 （财预[2012]40号）
3、关于建筑企业所得税征管有关问题的通知（国税函〔2010〕39号）
4、关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知（国税函[2010]156号）
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