1、反渗透预处理系统发生了短期内无法排除的故障。
2、后续系统不需要淡水，如除盐设备不能正常运行或需要停运，淡水生活废水处理设备价钱箱已满水等。
3、指令停运，如检修停运、清洗停运等。
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4、反渗透纯水设备本身发生了不能运行的故障。
5、RO进水水质不合格，且短期内无法消除。
6、保安过滤器、超滤装置不能正常运行，或流量不能满足反渗透装置的较低要求。
当停运膜系统时，必须用产水或高品质的进水冲洗整个膜系统，以便将高含盐量的浓水从压力容器和膜元件内置换掉，直到浓水出水电导接近进水电导，冲洗应在约 3.0bar（43.5psi）以下低压下进行，高流量有利于提高冲洗效果，但不应使元件或压力容器两端的压差超过最高规定值。
低压冲洗进水中不应含有用于预处理的化学药品，尤其不能含有阻垢剂，因此，冲洗前应停止加药（冲洗采用预处理产水时，为了预处理产水合格，仍需投加降低 SDI，脱除余氯等氧化剂的化学药品），冲洗结束之后，应完全关闭进水阀，如果浓水排放口低于压力容器，应在高于压力容器的浓水管线上，引入空气破坏虹吸作用。
当高压泵停运而进水和浓水又没有采用低压产水冲洗置换时，高盐度的膜处理系统会因自然渗透出现停机产水回吸，从清洗角度分析，一定程度的产水回吸有利于强迫运行时沉积的污染物从膜面上浮起，但是过量的产水回吸可能会导致复合膜膜片分层，复合层从多孔支撑层上剥离开来，造成膜的复合结构物理破坏。因此，无论何时何地都必须将这类产水回吸通量控制在 8.5L/m2h（5GFD）以下，特别应该限制在系统浓水端的产水回吸速率，限制产水回吸的实用方法是在产水管线上安装高质量的止回阀。如果存在产水回吸，还须提供足够的产水回吸补充量完成产水回吸，以避免膜元件内吸入空气，关于回吸水箱的尺寸设计请参阅系统设计部分的介绍。
如果产水管线在运行和系统停机时带压，膜元件就可能会遭遇静态的产水背压。为了避免膜元件因背压产生膜片复合层的剥离破坏，任何情况下，净背压不得高于 0.3bar（4.35psi），应务必在产水管线上设置止回阀或自动排放阀保护膜系统。
除了正常停机外，还存在各种非常突然的意外停机，例如停电或系统因报警等急停，此时尤其应当认真对待上述讨论的产水回吸和背压问题，经验丰富的设计人员与工程公司在设计时总是在设计阶段考虑了各种意外情况下的系统保护。
不同品牌膜元件能承受这种影响的能力有很大的不同，选择故障率最小的杜邦 FilmTecTM 膜元件并配以设计周全的保护措
施，可让您的水处理系统高枕无忧。当系统必须停运 48 小时以上时，必须注意：
▬ 防止膜元件干燥，元件干燥后会出现产水量的不可逆下降。
▬ 采用适宜的保护措施防止微生物滋生或每 24 小时进行定期冲洗。
▬ 应避免系统受极端温度的影响。
膜系统不作任何防止微生物生长保护措施的最长停运时间为 24 小时，如果无法做到每隔 24 小时冲洗一次但又必须停运
48 小时以上时，必须采用化学药品进行封存，
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