明朝永历年间，成都府有位地方官申明道，这位申老爷为官清廉受民敬仰，可惜中年丧妻，膝下有两子，大儿子申远，小儿子申纯，两人不仅长得英俊，而且聪明好学，尤其这小儿子申纯更是了不得，年仅十四岁就和他哥哥一起同时考取了秀才。
转眼之间，申纯年满十八岁和他哥哥一起去考取举人，可惜兄弟两人同时落榜。哥哥申远决心继续攻读，申纯经此打击，不免有些灰心丧气无意于功名，整天只是长吁短叹，吟诗作赋，多少有些牢骚。
申老爷见小儿子成天闷闷不乐，深怕他在家中闷出病来，就写了一封信，让申纯到眉州的舅父家住一段时日，借此散散心。
申纯的舅父是眉州通判王仲贤王大人，申纯与家仆在路上走了两日，这天到了舅父府上，申纯双手呈递上了父亲写的书信。舅父多年未见申纯了，今日一见，看到申纯长得一表人才，又温文知礼，心中十分喜爱。
舅父与申纯寒暄过后，领着他拜见了舅母，又叫来自己的儿子善普拜见表兄。舅父还有一位女儿唤作娇娘，今年年方十七岁，舅父吩咐侍女飞红，去把小姐喊来与表兄相见，不一会的工夫，飞红回来禀告，小姐还未梳妆完毕，她说改日再见。王夫人对飞红说到，表兄不是外人，叫小姐不必梳妆，速速来见！飞红应允而去。
片刻过后，一位十三四岁的丫环搀着娇娘来到大厅，申纯赶忙起身，两人互相还礼。申纯多年未见表妹娇娘，如今两人都已经长大了，只见娇娘站在王夫人身后，虽然未施脂粉，却是秀美异常。
舅父将申纯安排在花园旁边的书房，这儿的确是个安心读书的好地方，可是申纯却无心读书，满脑子想的都是小时候和表妹嬉戏玩耍、亲密无间的美好画面。
这天舅父设家宴招待申纯，表妹娇娘与他对向而坐，申纯心中有万语千言想要对表妹倾诉，怎奈舅父舅母坐在旁边，申纯只得强忍住心中的话，偷偷瞄了娇娘几眼，默默喝着闷酒。
一天傍晚，申纯在花园中散步，忽然看见东轩窗外，葡萄架下，隐约站着一个人影，再仔细一看，窗下还放着绣花棚架，申纯暗自猜想，莫不是娇娘吗，就悄悄走了过去。
申纯走近一看，果然是娇娘，看样子她好像是在绣花，可是不知为何却无心绣花，独自一人对着葡萄架出神。申纯站在她背后好一会儿，娇娘这才回头看到是表哥，不觉微微一怔。
申纯问娇娘，有什么心事，独个儿在此出神？娇娘脸微微一红，慌张地说到，没，没什么，现在天气依然寒冷，表哥当保重身体才是。说完两人沉默无语，娇娘几次想回闺房却是迈不开腿，后来走了几步，又担心表哥受了风寒，就提醒申纯早些回书房中，申纯点头称是，他心中纳闷，在众人面前，娇娘对他有说有笑，但只要两人独自相处，娇娘就很冷淡，这表妹的心思还真难参透，不知不觉申纯也对着葡萄架出了神。
一天舅父的侄儿前来拜访，舅父非常高兴摆宴招待，申纯也陪坐在席。酒至半酣，舅母对这个侄儿劝酒，娇娘唤来侍女，为侄儿斟满了酒，当舅母转过头为申纯劝酒，娇娘赶忙阻拦，表哥再喝就要醉了，母亲饶了他吧，申纯知道娇娘这是在为自己解围，心中喜不自胜。
不知不觉宴饮已至深夜，娇娘走到申纯面前剪去烛尽的时候，悄声对申纯说，今个没有我帮你，你非醉倒不可，申纯连声点头称谢。
第二天，申纯折了一支盛开的梨花来送给表妹，恰巧屋中只有娇娘一人独自对炉而坐，申纯心中欢喜将梨花插在瓶中，与娇娘并排坐下，娇娘轻抚申纯的后背，柔声问道，表哥衣衫单薄，是否感到寒冷？
申纯口打唉声，哎，表妹，你只是关心我冷不冷，却不关心我胸中有万千苦恼？于是申纯将这些天对娇娘的思念之苦、爱慕之心一古脑说出，娇娘听罢，脸颊早已绯红，继而说早已对表哥一见倾心，申纯听到这不胜欢喜，就在这时屋外传来脚步声，申纯连忙起身告辞。
从那以后，娇娘与申纯往来甚密，除了舅父舅母不知情，娇娘的几位侍女都知道两人相爱，飞红是舅母身边的侍女，娇娘把自己的金银首饰送给飞红，希望她能从中帮忙。
这一天，申纯家中的仆人来到了舅父家，向王通判递交了申大人的书信，原来申纯离家太久，申大人催他早些回去，申纯无奈只得向舅父辞行。舅父看罢书信不便强留，立即摆下家宴为申纯践行，娇娘就坐在申纯旁边，心中纵是千般不舍，却是难以说出口，只是在一旁偷偷拭泪，申纯见了心中也是黯然神伤。
申纯很快回到了家中，整天茶饭不思，无心读书，心中念想的都是娇娘。申纯的心事无法对父亲明说，只能托付好友陈游去对父亲说明此事，陈游一口答应了下来。
申大人听陈游说清了此事，不住的点头，其实他早有此意，今番经陈游提起就不再犹豫，请了一位张姓媒婆前往舅父家提亲。
申纯听到这个消息高兴得夜不能寐，连夜给表妹娇娘写了一封书信，将信亲自送到张媒婆家中递交给她，嘱咐她务必把信交给表妹娇娘，并且附赠张媒婆几两碎银，张媒婆收了银子和信，自是一口应承下来。
第二天，张媒婆赶往王通判家中，先替申大人向王通判夫妇请安，接着说明了来意为申公子保媒。王通判轻捻须髯，申纯只不过是个秀才，并未博得任何功名，这就要迎娶小姐，王通判不禁有些犹豫，一时难下决断。
很快到了午饭时间，王通判就留张媒婆共进午饭，吃饭之间，张媒婆再次提起了申纯求婚一事，王通判先是将申纯的品貌才华赞赏了一番，继而推脱说终究是内亲成婚，多有不妥，张媒婆再三劝说，王通判仍旧不松口。
饭后，王通判有事先走了，张媒婆劝说王夫人希望王夫人能够应允下来，王夫人说家中事物皆由王大人做主，张媒婆趁着王夫人盥洗的工夫，偷偷把申纯的书信交给了娇娘，娇娘读了申纯的书信，被表哥的深情实意所打动，但是一想到父亲的无情拒绝，不禁悲上心头，泪如雨下。
第二天清早，娇娘将回给申纯的书信悄悄交给张媒婆，刚刚说了几句话就哭了起来，张媒婆见此情景，心中也是非常难过，这么有情有义的一对有情人，却难以走到一起。
张媒婆回到成都，将王通判的话回复给了申大人，又把娇娘的书信交给了申纯，申纯欢喜的接过书信打开一看，是娇娘写的两首诗，表达了她对表哥的思念之情，申纯反复吟诵，将信紧紧贴在胸口，眼前满是娇娘的倩影。
过了没几天，申纯相思成疾卧病在床，突然间，申纯心中有了一个主意，立马找来好友陈游细细述说了一遍，让他照计行事。
第二天，陈游来见申大人，故意装作愁眉不展的样子，说了一番申纯的病情，并说为了避免邪气缠绕，申纯最好暂时离家，方得医治，申大人一听吃惊不小，一时难做主张。
陈游走后，申大人赶紧来到小儿子房中，申纯看见父亲进来，故意躺在床上，迷迷糊糊说一些不着边际让人听不懂的胡话，申大人大声呼叫，申纯这才睁开眼睛，申大人见此焦虑万分。
申大人回到书房，寻思着还是让申纯到他舅父家小住几日，就着手写了一封信给王通判征求意见。过了几日，回信来了，申大人拿着回信来到申纯房中，轻声呼唤申纯，将王通判同意他前去小住的消息告诉了他，申纯听罢，心中暗暗欢喜。
申纯本来就没有什么大病，立即起身收拾了行李赶往舅父家，进了王府，穿过庭院，直奔中堂而去拜见舅父，就在半道上与娇娘不期而遇，见了娇娘，申纯是万分欢喜，多日缠绕在身的抑郁一扫而光，娇娘告诉申纯，父母不在家中，陪伴王寺丞同去赏花了，于是申纯娇娘同坐亭中，细细诉说分别数日后的思念之苦，申纯讲了这次为了来见她，想出了装作中邪的主意，娇娘听罢讶然失笑。
掌灯时分，王通判夫妇回来了，申纯赶忙上前谒见，舅父前不久推掉了申纯的求婚，多少有些歉意，见了申纯也不免多出几分热情，王夫人拿出一包参茸补品交给娇娘，让她吩咐丫环每日将参茸熬汤送与申纯，娇娘自是答应下来。
这一天申纯在花园中散步，捡到一张诗笺，拾起一看上面写着一首《青玉案》，申纯不觉吟诵起来，回到书房再细细品味，正在猜想这首词是何人所写，看笔迹不像是娇娘所写，就在这个时候，娇娘进来了，她一眼瞥见桌上有一张词笺，一看便认出是飞红所写，咦，这就怪了，娇娘心中暗自纳闷，飞红写的诗笺怎么会出现在表哥案上，申纯不明就里还问娇娘，这首诗表妹何时所写？
娇娘这时想起了前几日飞红与申纯一起在花园中扑蝶的场景，不禁脸色大变，怒目刺向申纯，这首词是飞红所写，表哥明明知晓，为何还假惺惺来问我！说完急步走出屋外。
申纯这才知道娇娘误会了他和飞红，赶紧上前追赶娇娘，但是娇娘头也不回地已经走远了。
一连几天，申纯都没有见到娇娘，心中愈发慌乱，这一天申纯来找娇娘，见她房中空无一人，案上有诗一首，申纯拿起一读，知道娇娘对他误会太深，就想找她好好解释一番。申纯走出屋外，刚刚走到花架下，迎面碰到了娇娘，就问娇娘为何这些天一直躲着自己，娇娘未曾开口已经泪眼婆娑，我亲眼看见你与飞红在花园中嬉戏打闹，你是不是移情别恋，心有她属！申纯一听犹如当头一棒被打得晕头转向，急切地向娇娘说到，绝无此事，绝无此事，那一日飞红在园中扑蝶，因为总是扑不到，就对我说两人两双手一起捕获，总比一人强，于是我才上前帮忙，我对表妹的心意苍天可鉴，绝无二心！说到这，申纯早已涨红了脸，不知是受委屈气得，还是急成那样的，娇娘见了申纯那副模样，好像一个三岁娃娃受了冤屈在向大人诉冤，心中明白，这是冤枉了申纯，她是了解表哥的，表哥不是那种寻花问柳的浅薄之人，心中的气消了大半，笑着对申纯说，看把你急的，刚刚说了你几句，就沉不住气了，还秀才呢！
申纯见娇娘气消了，心中郁结立即烟消云散，两人携手走进后花园细细攀谈，自那以后，飞红再来找申纯玩耍嬉闹，申纯都躲得远远的，飞红几次叫他，他都装作没听见，飞红知道，申纯故意疏远自己，一定是娇娘暗中捣乱，心里不免对娇娘有了几丝恨意。
这一天，申纯和娇娘正在园中散步，远远地就被飞红看见了，飞红不动声色，赶忙跑回房中，假意对王夫人说园中牡丹开得正艳，拉着王夫人前去赏花，王夫人本不想去，这一被飞红拽住，不去也不行了，两人刚刚走到园中，王夫人一眼就看到了娇娘和申纯在亭中卿卿我我柔情蜜意，心中很是恼火，连着呼唤娇娘数声，娇娘这才发觉，申纯见是舅母，急忙避开。
自从那日和娇娘在一起被舅母撞见，申纯自觉脸上无光，再也无颜住在舅父家，于是向舅父辞行回家，娇娘得知表哥要走，心中是万般不舍，申纯又怎会舍得离开娇娘，只得好言相劝，并且相约来日再见。
申纯回到家中，申大人见他大病初愈身体康复，非常欣慰，叫他与哥哥在家中好好读书准备秋试。转眼之间就到了大笔之年，申纯早已无心功名，但是哥哥一再劝勉，父亲也是再三催促，申纯无奈只得与哥哥一同踏上赴京赶考之路。考完之后，兄弟两回到客店，申纯料定自己考不中，就要先回家，哥哥劝说等发榜了再回家不迟，申纯想想也就几天，索性等等。几日后发榜了，结果兄弟二人双双考上举人，捷报早几日已经送到了家中，待兄弟两人回到家中，起来祝贺的亲朋好友络绎不绝，将庭院挤得满满当当。第二年春天，兄弟二人又高中进士，这时他们的舅父王通判得到消息，就写了一封书信邀请兄弟二人前去他家游玩，申大人收到信后，就让申纯前往。
申纯赶到了舅父家中，回禀舅父，哥哥要在家中侍奉父亲，所以不能前来，望舅父见谅，舅父哪里会责怪，赶忙叫来娇娘、王夫人见过申纯向他道喜。
舅母这一次把申纯安排在了大厅的东边，这里远离中堂，申纯知道，舅母对自己仍然心存芥蒂，所以并不在意，只是见不到娇娘，心中终究还是郁闷。
这天清晨，申纯早早来到中堂请安，舅父舅母还没有起来，就在这时，娇娘走了进来，她告诉申纯，今天她是特地赶在父母还没有起来之前，来见他的，申纯听了，大为感动，两位有情人已有一年多没有见面，这次相见，终于可以互述衷肠。
娇娘告诉申纯，母亲年老多病，恐怕时日无多，父亲早已将飞红收作偏房，家中诸多事物，皆由飞红安排，只要飞红不从中作梗，他们就能够相见，所以她现在对飞红非常客气，申纯听了，心中不免神伤，真是难为娇娘了，她为了来见自己，还得委曲求全，曲意讨好飞红，想到娇娘为自己所做的付出，申纯对娇娘是又怜又爱，只盼两人能够早日喜结良缘。
过了两月，舅母终因医治无效撒手而去，娇娘悲痛万分，申纯留在府中帮忙舅父料理丧事。待丧事完毕，舅父发觉申纯做事能干，而且现在已经考取了进士，想起当初拒婚，也着实有些后悔，飞红成为正房后，也有意成全二人，就让王通判重新考虑两人的姻缘，王通判终于答应了两人的婚事。
飞红即刻找到娇娘申纯，告诉他俩这个喜讯，娇娘开始还不相信，以为飞红拿自己开心，不一会王通判喊申纯过去征求意见，娇娘这才相信，高兴地紧紧握住飞红的手，不知道说什么才好。过了几日，申大人给王通判写了回信，赞成申纯与娇娘的婚事，就在择日下聘礼的当口，都督府的幕僚火急火燎的走进王府，递上杨都督的亲笔信，这位杨都督是王通判的顶头上司，他有一位小儿子至今未婚，当他得知王通判有位女儿尚未婚配，就派人来替小儿子提亲。
接到杨都督的书信，王通判这下犯了难，他起先告诉幕僚不敢高攀，但经不住幕僚一再劝说，杨都督这位公子不仅才华超群而且人品出众，就算王大人不为女儿的终身大事着想，也要为自己的前途掂量掂量，王通判知道幕僚话中有话，这位杨都督不仅仅是自己的上级，而且他的叔叔在朝中为官，得罪了他，只怕今后自个这个通判不好做了---想到这，王通判心里有些一些动摇，不免犹豫起来。幕僚一看有戏，赶紧火上浇油，又来劝说，王通判这下招架不住了，最后心一横，答应了幕僚，幕僚满意而去。
晚上，娇娘来找申纯，将父亲的决定告诉了他，申纯听罢，惊得目瞪口呆，两人抱头痛哭。一连几日，申纯心急如焚但是想不出对策，飞红也几番劝说王通判，切不可拆散有情人，误了娇娘终身，王通判哪里听得进去，将飞红训斥了一顿，飞红也不好再说什么。娇娘心中委屈但又无处述说，做了些申纯爱吃的酒菜陪他畅饮，她知道，只要杨府下了聘礼订下婚期，两人就不得不分离了，她和表哥再难相见。
不日杨府订下婚期，就在这时，申府来信说申大人病重，要申纯速速归家，申纯赶紧向舅父辞行，娇娘也来送别，她知道申纯这一去，日后恐难相见，话未说出口，已经哭成了泪人儿，申纯含着泪，还礼作别。
申纯刚走，娇娘就大病一场卧床不起，王通判心中不安，叫飞红前去劝慰娇娘，飞红看望娇娘，耐心劝告她，凡事往宽处想，娇娘心底万分悲苦，日夜抽泣不止，病情不见好转，身体日渐消瘦。
飞红见娇娘一片痴心，身体大不如前，心里升起怜悯之情，写了一封书信差人交予申纯，叫他驾着小船前来，停泊在王府门前的柳树下，与娇娘一会。
申纯接到书信，便瞒着父亲，雇了一艘小船，停到了王府门前的柳树下，等候与娇娘相见，可是等了好半天也不见娇娘的身影，心中不免焦急。
第二天早上，王通判有事外出，飞红搀扶着娇娘来到河岸，申纯忙叫艄公将船靠近岸边，将娇娘搀扶上了船，娇娘握住申纯的手，失声痛哭，飞红也在一旁流泪。
娇娘知道，今天或许是与申纯最后一次见面了，心中纵然有万千话语，还未开口早已泣不成声，颤抖着将一叠诗稿交予申纯，表哥，我的心里话，都写在诗稿之中了，申纯接过诗稿，上面留有娇娘的斑斑泪痕，还留有她手指的余温。
飞红恐怕王通判回来，就催促娇娘快些上岸，
申纯的小船渐渐划远了，娇娘感觉身子飘飘荡荡，站立不稳，她伏在飞红肩头，望着小船直至消失不见，仍旧不舍离开。
娇娘自别申纯后，不梳洗也不饮食，弄得蓬头垢面，如痴如狂，王通判前来相劝，娇娘半句听不进去，王通判见娇娘违抗父命，不禁大怒，骂了娇娘几句，娇娘突然拿起梳妆台上的剪刀，径直朝自己的脖子刺去，好在一旁的丫环眼疾手快，将剪刀抢夺了下来。
王通判回到房中，眼看婚期将至，女儿却是这般刚烈，也暗暗为自己的决定后悔，让飞红去劝劝娇娘。飞红见到娇娘，娇娘喘个不停，把笔一掷，将刚刚写好的书信交予飞红，请她寄给申纯。
申纯回到家中郁郁寡欢，整日茶饭不思，忽有飞红来信，寄来娇娘诗章，申纯眼含热泪，反复吟诵，哪知上午刚刚收到娇娘的来信，下午就突然收到了娇娘故去的讣音，申纯心如刀绞一般疼痛，先写了悼词悼念娇娘，继而写下了与父亲哥哥诀别的遗书。
第二天，渔民在河里打捞起申纯的遗体，他身上还带着用油纸包裹的娇娘的诗章，申大人白发人送黑发人心如万箭穿过，强忍剧痛给王通判写了一封书信，希望将申纯娇娘合葬，王通判接到书信，知道事已至此，也不再说什么，就同意了将两人合葬。从此，申纯娇娘永远在一起永不分离，人们传说在濯锦江边有一座开满鲜花的墓地，就是他俩的坟墓，这墓地还有一个美丽的名字，叫做鸳鸯冢。
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