真菌分类表，本列表使用NCBI所公告之真菌分类表为准。

以前的分类学家将真菌和细菌都列为植物，称为菌类植物，但他们和植物相当不同，都是异养生物，现在的分类法倾向将它们独立在动物和植物之外，各自单独分为一个界。

[title3]粒毛盘菌纲(Neolectomycetes)[/title3]

[title3]肺孢子菌纲(Pneumocystidomycetes)[/title3]

[title3]裂殖酵母纲(Schizosaccharomycetes)[/title3]

[title3]外囊菌纲(Taphrinomycetes)[/title3]

[title3]星裂菌纲(Arthoniomycetes)[/title3]

[title3]刺盾炱纲(Chaetothyriomycetes)[/title3]

[title3]座囊菌纲(Dothideomycetes)[/title3]

[title3]散囊菌纲(Eurotiomycetes)[/title3]

[title3]虫囊菌纲(Laboulbeniomycetes)[/title3]

[title3]茶渍纲(Lecanoromycetes)[/title3]

[title4]微孢衣亚纲(Acarosporomycetidae)[/title4]

[title4]茶渍亚纲(Lecanoromycetidae)[/title4]

[title4]厚顶盘菌亚纲(Ostropomycetidae)[/title4]

[title3]锤舌菌纲(Leotiomycetes)[/title3]

[title3]李基那地衣纲(Lichinomycetes)[/title3]

[title3]圆盘菌纲(Orbiliomycetes)[/title3]

[title3]盘菌纲(Pezizomycetes)[/title3]

[title3]粪壳菌纲(Sordariomycetes)[/title3]

[title4]肉座菌亚纲(Hypocreomycetidae)[/title4]

[title4]粪壳菌亚纲(Sordariomycetidae)[/title4]

[title4]炭角菌亚纲(Xylariomycetidae)[/title4]

[title3]酵母纲(Saccharomycetes)[/title3]

[title3]异担子菌纲(Heterobasidiomycetes)[/title3]

[title4]异担子菌亚纲(Heterobasidiomycetidae)[/title4]

[title4]银耳亚纲(Tremellomycetidae)[/title4]

[title3]同担子菌纲(Homobasidiomycetes)[/title3]

[title3]锈菌纲(Urediniomycetes)[/title3]

[title4]亚纲(Agaricostilbomycetidae)[/title4]

[title4]微球黑粉菌亚纲(Microbotryomycetidae)[/title4]

[title4]锈菌亚纲(Urediniomycetidae)[/title4]

[title3]黑粉菌纲(Ustilaginomycetes)[/title3]

[title4]亚纲(Entorrhizomycetidae)[/title4]

[title4]外担子菌亚纲(Exobasidiomycetidae)[/title4]

[title4]黑粉菌亚纲(Ustilaginomycetidae)[/title4]

[title3]球囊菌纲(Glomeromycetes)[/title3]

[title3]毛菌纲(Trichomycetes)[/title3]

[title3]接合菌纲(Zygomycetes)[/title3]