Protel 99 SE的默认字体过大导致不能显示完全，可以通过改变系统使用的字体和大小来使其正常显示。具体方法是：单击File菜单左边的▼按钮，在弹出的菜单中选择Preferences菜单项，进入System Preferences对话框设置系统参数。单击Change System Font按钮，进行字体和大小的选择；
注意熟记和使用快捷键，可以大大提高工作效率；
若不熟悉元件所在的元件库，可以使用Protel 99 SE系统提供的查找元件的方式找到该元件所在的元件库，从而完成添加工作；
有时无法从Protel 99 SE系统的元件库中查找到设计元件，此时需要自行设计新的元件和建立新的元件库。双击设计管理器中的电路原理图库文件图标，即可进入原理图元件库编辑器工作界面；
当完成原理图的设计之后，选择Design>Create Netlist命令，或者在鼠标右键的弹出菜单中选择Create Netlist命令，将启动产生同名网络表的命令，出现Netlist Creation对话框；
元件封装（Footprint）在原理图（Schematic）中设置，在印刷电路板（PCB）图中显示出来；
元件封装是指元件放置到PCB中所表示的外框和焊点位置。因为元件封装的统一，使取用元件的引脚和PCB的焊点位置对应，从而保证整个PCB按照电路设计的方式连接和工作；
当某个元件的封装在PCB的标准封装库中不存在时，应该手工制作自己的封装库添加到项目中，封装的具体尺寸应使用千分尺实际测量元件后取得。而在PCB图中可以使用Reports>Measure Distance来测量图中任意两点之间的直线距离；
当手工制作自定义封装时，注意焊盘的编号和元件的引脚编号要一致，否则会在向PCB中导入网络表时报错；
飞线的作用在于指导实际导线的布置，并没有电气上的意义，也可以称之为预拉线；
PCB中的自动布线不可用，应该手工布线，布线时应注意一些抗干扰的规则，需要经验的积累；
PCB中，在放置敷铜（快捷键Alt + P + G）时，Plane Settings选项组中的Grid Size文本框用于设置敷铜多边形的格点间距，即敷铜的密度，Track Width文本框用于设置敷铜的铜膜线宽度。当铜膜线的宽度小于格点间距时，放置的敷铜将呈格点状。当铜膜线的宽度大于格点间距时，放置的敷铜将呈块状。
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