在古代历史中经常可以看到“漠南”、“漠北”这样的名词，事实上它们也是内蒙和外蒙的前身。一般来说，征讨蒙古的中原军队都是出长城，先扫平漠南，而后穿越沙漠，再击漠北。这里的“漠”就是区分内蒙和外蒙的地理标识。
在今蒙古国南部东戈壁省、南戈壁省、戈壁阿尔泰省，以及我国内蒙古锡林郭勒西部一带是浩瀚的沙漠。在汉朝和唐朝，这片沙漠经常被冠之以“瀚海”，到了明末清初，围绕着这片沙漠一共盘踞着三大蒙古势力，分别是“漠北蒙古”、“漠南蒙古”和“漠西蒙古”。
漠北蒙古主要是喀尔喀部，后来演化为今天的蒙古国；漠南蒙古主要是科尔沁部和察哈尔部，后来演化为后来的内蒙古；漠西蒙古主要是准噶尔部，就是后来的新疆。成吉思汗的黄金家族源自科尔沁部，换句话说内蒙古才是蒙古帝国的正统继承者。但明末时，漠南蒙古式微，东面有强势崛起的后金，西面则是一心称雄的准噶尔。
此时黄金家族的掌舵人为林丹汗，想效仿其祖先入主中原，但首先要统一北方，最大的敌人是盘踞于白山黑水的女真人。漠南蒙古与后金的战争爆发，努尔哈赤很快将林丹汗的军队击溃，漠南被后金收入囊中，改称“内属蒙古”，即内蒙古。后来满蒙联姻无一不是从内蒙挑选后妃，外蒙则从来没有这个待遇。
漠南摆平之后，剩下漠北和漠西，但此时清朝忙着入主中原。发源于伊犁河谷的漠西蒙古日渐强大，准噶尔汗国决心吞并漠北，喀尔喀部不敌，向清廷告急。康熙御驾亲征，准噶尔被击退。此战遏制了漠西蒙古的东进步伐，也将漠北收入版图，改称“外藩蒙古”，即外蒙古。
历经康雍乾三朝用兵，漠西蒙古直至乾隆年间才彻底平定，准噶尔汗国从地图上消失。清廷没以“西蒙古”之类的称呼命名，而是取名“新疆”。
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