事端于1949年国共内战局势逆转,国府计划迁台,五千多名的山东省流亡学生在烟台联合中学校长张敏之带领下追随投奔,原望迁台继续学业,但因入台管制而暂转澎湖,假马公国民学校成立「澎湖防卫司令部子弟学校」。
不意国民党军因内战兵员渐耗,而韩凤仪在澎湖, 既自虑势力弱小, 而嫉忌李振清之得志, 乃与陈复生密谋, 为李振清制造困扰, 韩所属之三十九师、士卒寥寥可数, 乃趁机假藉理由, 强迫学生, 编入队伍, 又复虐待学生, 使之恨李振清, 并从中挑拨, 使李对学生印象恶劣。因当时澎湖兵源短缺,澎湖防卫司令李振清希望把学生能编入步兵团。由於学生多不愿意,导致在7月13日於澎湖防卫部操场当天发生流血冲突。後来,军方以逮捕匪谍的名义,拘禁许多人士加以秘密审判,对校长多人处以死刑,有学生被装入麻布袋丢海,并长期监控其家属。
此案的失踪者有近三百多人。事发后,校长张敏之、邹鉴和五名学生刘永祥、谭茂基、明同乐、张世能、王光耀以「匪谍」罪名,被押到台北马场町枪决。另有2名学生王子彝、尹广居死于狱中。
作家王鼎钧曾说:「国民政府能在台湾立定脚跟,靠两件大案杀开一条血路,一件二二八事件慑伏了本省人,另一件烟台联合中学冤案慑伏了外省人。」