1949年10月14日，马鸿逵一家乘飞机从重庆飞抵达台北，陈诚等军政大员前往迎接。马鸿逵强作欢颜，与众人寒暄一番后，住进了台湾省政府招待所。

此时的马鸿逵对前途仍抱乐观态度，认为自己资产丰厚，在台湾可以安度晚年，并在到达台北后第二天开始，依次拜访军政要员。但让他出乎意料的是，屡遭颜面扫地的尴尬。

首先，是“国防部长”郭寄峤给马鸿逵难堪。郭寄峤是曾被马鸿逵挤下台的甘肃省主席，马鸿逵在其乔迁新居时，备厚礼登门拜访，希望郭能不计前嫌，结果遭到郭一顿臭骂。马鸿逵被骂得满脸通红，后悔不该前来祝贺。

当晚又有宪兵来迫马鸿逵搬离招待所，马鸿逵只好低三下四道:“现在这么晚了，拜托你们让我们住一晚，明天再去寻新的住处。”不想宪兵态度蛮横，坚决要他们立即离开，马鸿達等人只好连夜搬到市区旅馆居住。后来又搬进早已购得的台北古亭区和平西路二段的房子。

然而，更大的难堪还在后面。马步芳、马继援父子逃台后，在蒋介石面前大大告了马鸿逵一状，将丢失西北的责任全部推到马鸿逵身上。蒋介石一怒之下，在阳明山召见马鸿逵，一见面便阴沉着脸问道“你在咸阳战役中，因何擅自撤退?”

马鸿逵一听这个，立即明白是马步芳父子捣的鬼，但他擅自撤退是真，无法反驳。蒋介石将马鸿逵怒斥一顿，吓得马鸿逵满头是汗，不停地赔不是。

离开阳明山，马鸿逵立刻换了一副面孔，铁青着脸找到马继援，指着他的鼻子狠狠地说：“尕娃，你们说话要讲良心呐，不要血口喷人!”

当时马继援的表哥，时任驻澎湖预备军团副司令的马呈祥也在场，见二人争执不休，便上前对马鸿逵说“您老人家不要生气了，改回我们登门道歉。”说完，就拉着马继援离去，算是给了马鸿逵一个台阶。

10月末，“行政院”奉蒋介石之命，以“擅自撤兵”为由，给马鸿逵“撤职查办”处分。12月，马鸿逵又失去了“中央执行委员”的头衔。

紧接着，“监察院”提出对二马的弹劾案，追究贻误战机、丧师失地责任。此时马步芳已先一步以朝觐为名逃到了中东，马鸿逵只能独自承担。在巨大的压力下，他感到台湾已没有立足之地，便决定效仿马步芳逃走。

马鸿逵先让他最宠爱的四姨太刘慕侠，以治病为名前往香港，安排好一切后，即向台湾发去急电，称自己病危，恳请见丈夫最后一面。

接到电报后，马鸿逵不敢直接找蒋介石，便拿着电报找到陈诚，带着哭腔恳求让他去见最爱的四姨太最后一面。

不了解马鸿逵的人，不知道他的做戏天赋，陈诚见他如此悲痛，颇为同情，批给他一个月假期。马鸿逵立即带着六姨太赵兰香等人，离台赴港。第二年，五姨太邹德一和次子马敦静一家人也先后以种种借口离开台湾，来到香港团聚。

陈诚批的假期结束后，台湾当局以“未报到归队”为由将马鸿逵开除党籍，他不屑一顾。后来，台湾当局通知他补交五张照片恢复了党籍。再后来，蒋介石来电召他回台，他没有理睬。

马鸿逵到港后，虽然生活安逸，但总觉得离台湾太近不踏实，于是在1950年，再次请陈纳德帮忙赴美。他狠下血本，不仅花费了大量黄金、美元，还将小德张赠送的那只稀世珍宝翡翠西瓜也送给了陈纳德。

马鸿逵一家如愿以偿来到美国，先居住于旧金山，后又迁至洛杉矶郊外的别墅中。在这里，他办起一家“普拿马”牧场，这才有些许回到西北家乡的感觉。每到思乡之情情至深处，他往往不能自已，掩面而泣，哽咽道“恐怕此生回不了大陆了……”

这一期间，马鸿逵时常收到蒋介石的来电，要他返回台湾履职，他几乎没有给蒋介石回过电报。但是考虑到一些亲人仍在台湾，为不连累他们，马鸿逵在美国谨言慎行。

马鸿逵不懂英语，无法亲自打理他的庞大家产，便将黄金所换美元的一部分交给儿子马敦静和孙子马家骅，用作家族支出。不想几个月后，这一大笔钱便花了个精光，马鸿认为是儿孙私吞了这笔钱，直叹子孙不孝。

1956年，五姨太邹德一提出离婚，马鸿逵不想勉强她，便点头答应，并给了她15万美元。邹德一后来改嫁给一位大学教授。

而马鸿逵最为宠爱的四姨太刘慕侠，只知把持家政，对他并没有关怀之情。只有丫环出身的六姨太赵兰香，仍像从前一样尽心服伺他，总算给了他晚年一点慰藉。

1960年，次子马敦静和孙子马家骅因财产问题对簿公堂，后来竟把马鸿逵也告到了美国法院。遭至亲如此对待，马鸿逵深受打击，从此一病不起。

在病床上，马鸿逵还不忘与马步芳的仇恨，撰写了《给马步芳的一封公开信》，揭露马步芳父子当年在青海及西北地区的种种劣迹。

1970年1月14日凌晨，马鸿逵病死于美国洛杉矶，时年78岁。

临终前，马鸿逵一再叮嘱刘慕侠，一定要不要把他的遗骸埋在美国。近一年后，赵兰香独自护送马鸿逵的遗体返回台湾。

台湾拨付新台币30万元作为安葬费，并组成了以谷正纲为主任委员的治丧委员会。两日后，马的遗体葬于台北县三张犁的一处墓地。